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中国科学: 生命科学 2011 年 第41 卷 第9 期: 714 ~ 721
SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS
论 文
一种结合单张芯片序列捕获和高通量测序技术测序
外显子组的方法
①† ②③† ① ①②③ ①②③*
蒋涛 , 杨蕾 , 蒋慧 , 田埂 , 张秀清
① 深圳华大基因研究院, 深圳 518083;
② 中国科学院北京基因组研究所, 北京 101300;
③ 中国科学院研究生院, 北京 100049
† 同等贡献
* 联系人, E-mail: zhangxq@
收稿日期: 2011-07-13; 接受日期: 2011-08-16
中国科学院对外合作重点项目(批准号: GJHZ07016)、中国科学院知识创新工程(批准号: KSCX-YW-N-023)、国家自然科学基金(批准号: 和、国家重点基础研究发展计划(批准号: 2007CB815701, 2007CB815703
和 2007CB815705) 、整合生物学丹麦平台和个性化疾病预测预防治疗应用医学基因组学 Lundbeck 基金会(批准号: LUCAMP)资助项目
摘要 随着高通量测序技术的发展, 全外显子测序已经成为一种研究人类疾病的重要方 关键词
法. 本文展示了一种通过Nimblegen 2.1M 芯片进行外显子DNA 序列捕获和高通量测序的方 外显子组测序
外显子组捕获
法, 包括两步法文库制备. 测序的平均覆盖深度达33 倍时, 95.6%的34M 目标区域得到均衡
高通量测序
覆盖, 特异性达到80%. 对比全基因组鸟枪法测序的结果, 此方法在检测SNP 时的假阳性率
为0.97%, 假阴性率为6.27%. 本方法对于全基因组扩增的DNA 也适用. 结果显示, 全外显
子测序技术可以在大规模的群体研究和医学研究中起到重要作用.
近年来出现的大量 DNA 平行测序技术可产生大 近年来发展的外显子捕获技术通过杂交选择的
量短测序片段, 使得在较低的成本下测序的通量获 方法有效地富集了目标区域. 但该技术的应用仍有
得大幅提升[1]. 过去的两年间, 在这些新一代测序平 局限 , 如使用分子倒置探针 (molecular inversion
台上已经完成多个个人基因组, 找到数以百万的遗 probes)会丢失约 80%的目标外显子[5]. 生物素标记的
传变异[2~4]. 然而对于许多研究而言, 尤其是那些需 RNA 捕获探针可很好地应用于 1900 个人类基因, 但
要对上亿人批量测序来确认 DNA 序列与各种疾病相 是其对整个人类外显子的作用还未被证实[6]. 虽然已
关的遗传变异时, 一个完整的人类基因组重测序依 尝试过几种基于芯片的外显子捕获技术, 但是每张
然价格昂贵. 需要说明的是与疾病相关的变异大都 芯片上都只有一小部分人类外显子[1,7,8].
发生于蛋白编码区, 这仅占人类基因组的 2%. 因此, 本文使用 NimbleGen 高密度 2.1M 芯片来捕获
以成本效益至上的目标区域重测序方法有所发展, 整个人类外显子组, 并用 Il
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