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中国科学: 生命科学 2013 年 第43 卷 第11 期: 953 ~ 959 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 论 文 一种应用于高通量生物检测的皮升级微反应池 芯片 ①③† ②③† ①③ ①③ ②③ ①③ ②③* 韩伟静 , 袁丽娜 , 魏清泉 , 李运涛 , 任鲁风 , 周晓光 , 于军 , 俞育德①③* ① 中国科学院半导体研究所, 集成光电子学国家重点实验室, 北京 100083; ② 中国科学院北京基因组研究所, DNA 序列测定技术研发中心, 北京 100101; ③ 中国科学院半导体研究所, 中国科学院北京基因组研究所, 生物信息获取与传感技术联合实验室, 北京 100083 † 同等贡献 * 联系人, E-mail: junyu@; yudeyu@ 收稿日期: 2013-05-03; 接受日期: 2013-07-27 中国科学院科研装备研制项目(批准号: YZ200823)资助 摘要 基于高通量皮升级微反应池的焦磷酸测序技术以其测序读长长的优势, 在测序领 关键词 域有着不可替代的位置. 在高通量焦磷酸测序过程中, 微反应池之间的光学串扰以及微反 高通量分析 皮升级微反应池 应池中的化学残留严重影响测序原始图像的信噪比, 限制了测序的读长及准确性. 本研究 表面镀膜 通过在微反应池侧壁分别选择性蒸镀钛和铝金属膜, 有效地将相邻微反应池之间的平均光 学串扰率降低约一个数量级. 此外, 通过在微反应池表面蒸镀二氧化硅层, 显著地改善了微 反应池表面物理形貌, 有效地减少了微反应池中的化学残留. 表面蒸镀钛-二氧化硅的微反 应池光学串扰低、化学残留少, 可应用于高通量焦磷酸测序等相关领域. 近年来, 基因测序技术蓬勃发展. Sanger 测序法 高通量焦磷酸测序技术的实现主要依托于以下 [1] 经过不断地完善与发展, 已经完成了大量测序工作 , 两个方面的技术突破: ( ⅰ) 改进了焦磷酸测序方法, 但由于 Sanger 测序法对电泳分离技术的依赖, 其测 使其能在固相上进行[8,14,15]; ( ⅱ) 开发了表面刻蚀有 序通量和速度难以进一步提升, 且测序价格昂贵. 相 皮升级微反应池的光纤面板作为测序载体[8,14,15]. 前 对于 Sanger 测序法而言, 基于高通量测序平台的第 者包括使用DNA 微球将 DNA 文库扩增并固定在其 二代测序技术测序速度快、通量高、成本低, 已成为 表面简化 DNA 文库扩增过程, 并且将参与焦磷酸测 现行主要测序方法[2~7]. 在现有的第二代测序技术中, 序反应的酶分子固定在酶磁珠表面, 避免测序冲洗 基于焦磷酸测序原理的高通量焦磷酸测序技术[8]测 过程中酶分子的损失[15]. 表面刻蚀有阵列式微反应 序速度快、读长长, 在从头测序和宏基因组测序方面 池的光纤面板具有光学寻址性[16~18], 可有效实现测 有着不可替代的优势[9~1