美洲大蠊基因组重复序列分析-四川动物.pdf

DOI:10. 11984/j.issn.1000-7083.2017005 1 美洲大蠊基因组重复序列分析 1 1 1 1 2 1* 牟必琴 ，严超超 ，李午佼 ，李静 ，沈咏梅 ，岳碧松 (1. 四川大学生命科学学院，生物资源与生态环境教育部重点实验室，成都610064 ； 2. 药用美洲大蠊四川省重点实验室，成都610081) 摘要：重复序列是真核生物基因组的重要组成部分。一些重复序列，如自主型的逆转录转座子 LINE ，在昆虫的系统进化和遗传 多样性研究方面得到了广泛的应用。de novo 从头预测和基于同源比对预测相结合的方法被用来搜索美洲大蠊Periplaneta americana 基 因组，共鉴定出大约占全基因组62%的重复序列。研究发现，散在重复序列中，DNA 转座子占美洲大蠊基因组的 16.18%；逆转座元 件中LINE 最多，占基因组的13.64%，SINE 和LTR 逆转录转座子分别占基因组的3.52%和1.32%。LINEs 中的BovB 亚家族在所有转 座子亚家族中比例最高(约6.73%) 。美洲大蠊与德国小蠊Blattella germanica 相比，除LTR 逆转座子外，其他类型的转座子占基因组的 比例均高于德国小蠊。通过分析逆转录转座子反转录酶完整度、氨基酸序列相似度及遗传距离，从美洲大蠊基因组鉴定出一类 BovB 逆转录转座子：RTE-7_PAm。BovBs 的反转录酶氨基酸序列的系统树表明，美洲大蠊与内华达古白蚁Zootermopsis nevadensis 的进化 关系比与其同属蜚蠊科Blattidae 的德国小蠊的关系更近。昆虫中BovB 逆转录转座子的进化关系与传统的核基因进化关系的不同，表 明转座子的进化相对宿主基因的进化具有一定的独立性。 关键词：美洲大蠊；基因组；重复序列；转座元件；BovB 逆转录转座子；系统进化 中图分类号：Q78 文献标志码：A Analysis of Repetitive Sequences in Periplaneta americanana Genome 1 1 1 1 2 1* MOU Biqin , YAN Chaochao , LI Wujiao , LI Jing , SHEN Yongmei , YUE Bisong (1. Key Laboratory of Bio-Resources and Eco-Environment, Ministry of Education, College of Life and Sciences, Sichuan University, Chengdu 610064, China; 2. Sichuan Key Laboratory of Medicinal Periplaneta Americana, Chengdu 610081, China) Abstract: Repetitive sequences constitute a large fraction of a eukaryote genome. Some types o f repetitive sequences, such as LINEs, which are a member of autonomous transposons, have been widely applied in molecular phylogenetic and genetic diversity studies of insects. In this study, de novo prediction and homology alignment were