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蛋白质的肽质谱指纹图分析方法的优化-上海交通大学学报
ISSN 中国生物化学与分子生物学报 2005 年 12 月
CN 113870Q Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology 21 (6) :831～839
·技术与方法·
蛋白质的肽质谱指纹图分析方法的优化
周新文 , 张 玲 , 谢锦云 , 陈 平 , 梁宋平
(湖南师范大学生命科学学院 ,蛋白质化学研究室 ,长沙 410081)
摘要 肽质谱指纹图分析是一种常用的蛋白质的鉴定方法. 为了提高这种方法鉴定蛋白质时序列
覆盖率和准确度 , 以6 个标准蛋白质为分析样品 ,对几种不同的酶解肽段的浓缩、脱盐和点样方法
μ
进行了检验和优化. 结果发现 ,将酶解肽段的浓缩体积控制在 5 l 以下和采用 10 mmolL 柠檬酸铵
缓冲液板上脱盐能提高蛋白质鉴定的准确度 ;在点样的时候 ,采用先点样品再点基质的方法能明显
提高匹配肽段的个数和信噪比. 这些优化的样品制备方法明显地提高了 MALDITOF 质谱肽质谱指
纹图分析方法鉴定蛋白质的可靠性.
关键词 MALDITOFMS ,肽质谱指纹图分析 ,样品制备
中图分类号 Q51
Optimization of the Method for Peptide Mass
Fingerpriting Analysis of Proteins
ZHOU XinWen ,ZHANGLing , XIE JinYun , CHEN Ping ,LIANG SongPing
( College of Life Sciences , Hunan Normal University , Laboratory of Protein Chemistry , Changsha 410081 , Hunan , China)
Abstract Peptide mass fingerprinting analysis of proteins is the most widely used method for protein
identification. To maximize the sequence coverage percentage and improve the accuracy of protein MALDI
TOFPMF identification , different procedures of tryptic peptide lyophilization , desalting and spotting were
tested and optimized with six standard proteins. It was found that remainning of about 5 μ
l lyophilized tryptic
digest samples , using 10 mmolL diammonium citrate for washing matrixsample spots could significantly
improve the accuracy of pr
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