02生物化学及一些基本问题.pptVIP

R，S构型命名系统 D, L构型命名系统 (R,R) isomer (S,S) isomer 绿薄荷 香菜 Neutral sweet (commercial name) 有机分子的构象 High energy Low energy Light absorbing pigment in rhodopsin an integral membrane protein Conformational flexibility of a protein 生物化学反应的基本原则 共价键是通过两个原子共用外层电子而形成的 原子有通过获得、失去或共享电子的方式，达到“满电子状态”的倾向 如果形成共价键的原子“电负性”相近，那么形成的共价键是 非极性的，否则就是“极性的” 共价键的强弱，可用“键能”来衡量，所谓“键能”就是断裂该键所需的能量，或者该键形成时所释放的能量 多数生化反应是通过“亲核基团”攻击“亲电基团”来实现的 “亲核基团”指那些含有多余电子，倾向于通过提供共享电子而形成共价键的官能团或原子，含O、N、S的基团是生化中常见的“亲核基团” “亲电基团”指有空的电子轨道，倾向于通过捕获电子而形成共价键的官能团或原子，H+和金属阳离子是生化中常见的“亲电基团” C原子可同时表现为C+、C-（取决于所连接的基团） 重要的生物化学反应形式 氧化-还原（oxidation-reduction reaction） 取代反应（substitution reaction) 异构化反应 （isomerization reaction） 缩合反应（condensation reaction） 脱水反应（dehydration reaction） 裂解反应（lytic reaction） 水解反应（hydrolytic reaction） Oxidation states of carbons in biomolecules Most reduced Glucose, source of electrons for metabolism Most oxidized An oxidation-reduction reaction 细胞内常见“亲核基团” 含电负性较强的原子 具有孤对电子 substitution reaction tRNA is a better leaving group for removal during condensation. In this reaction, an amino acid is first activated by tRNA. SN2 reaction, the leaving group is ADP. An isomerization reaction dehydration reaction A hydrolysis reaction of a peptide bond, a nucleophilic attack on the carbonyl carbon by a water molecule 生物分子间的其他非共价的相互作用力 氢键：两个电负性原子（O，N）分享一个H原子和形成 离子键：不同电荷的基团之间的相互吸引 疏水力：非极性基团相互聚集而排斥水分子或极性分子产生 范德华氏力：当两原子相互临近时产生 生物化学的一些基本问题 生 命 什么是生命 我们所处在的地球充满着无数的生物，从最简单的病毒、类病毒到菌藻树草，从鱼虫鸟兽到最复杂的人类，处处都可以发现它们的踪迹，觉察到生命的活动。地球上的生物形形色色，千姿百态。不同的生物，其形态、生理特征和对环境的适应能力各不相同，都经历着生长、发育、衰老、死亡的变化，都具有繁殖后代的能力。 生命的特征： 新陈代谢、生长发育、繁衍后代、遗传变异、环境应激性、自主运动、进化演变 结构复杂性、组织性和有序性、物质能量交换、生长发育、遗传变异、环境应激性、进化演变 生命的定义 “生命是蛋白体的存在方式，这个存在方式的基本因素在于和它周围的外部自然界的不断地新陈代谢，而且这种新陈代谢一停止，生命就随之停止，结果便是蛋白质的分解。”——恩格斯 “生命是开放的非平衡系统中发生的一系列过程”——鲍尔 “非平衡态是通过熵从生物体流向周围介质来维持的”（耗散结构）——薛定鄂 生命是高度有序的，开放的，具有耗散特征的，远离平衡态的动力学系统，其基本框架为：DNA-RNA-蛋白质 不断更新的自组织属性 具有多级超循环结构 在生命系统混沌与吸引子作用下不断朝更高层次迈进 生命的化学基础 全世界250余万种生物，无论是形态结构还是生理过程都千姿百态，迥然不同，但他们却有着相似的化学基础。 从分子到细胞 生命的化学组成 水：65%-75% 蛋白