基因组挖掘技术在海洋放线菌天然产物研究开发中的应用及展望.pdfVIP

微生物学通报 Oct. 20, 2013, 40(10): 18961908 Microbiology China © 2013 by Institute of Microbiology, CAS tongbao@ 专论与综述 随着微生物基因组序列信息的不断积累, 利用基因组挖掘技术发现新酶及新的生物 合成基因簇, 进而发现新的天然产物, 已成为国内外研究的热点。本文对基因组挖掘研究 进行了综述, 同时强调了影像质谱技术在基因组挖掘中的应用。 赵心清 基因组挖掘技术在海洋放线菌天然产物研究 开发中的应用及展望 陈亮宇 王玉梅 赵心清* (大连理工大学 生命科学与技术学院 辽宁 大连 116023) 摘 要: 利用微生物的基因组信息预测其合成特定天然产物的潜能, 进而进行新化合物 分离纯化和结构鉴定的基因组挖掘技术, 已经成为国内外研究的热点, 并在多种细菌和 真菌的天然产物发现中得到成功应用。本文综述了基因组挖掘技术的最新进展, 包括生物 信息分析和结构预测、基因组指导的天然产物的发现、沉默基因的激活和异源表达技术 等, 以及我国学者开发的转录组挖掘技术, 并重点综述了影像质谱技术在基因组挖掘中 的应用。目前对海洋放线菌进行基因组挖掘的研究还比较少, 而基因组挖掘技术的发展, 将极大地促进对海洋放线菌天然产物的发现和鉴定。未来除了充分挖掘可培养微生物的 基因组, 对未培养微生物宏基因组的挖掘将进一步深入。此外, 除了开发利用基因组中合 成天然产物的结构基因和调节基因, 还应该充分开发利用其他不同的遗传元件, 包括不 同转录活性和响应不同环境条件和信号的启动子, 以及具有调节作用的RNA 等。 关键词: 海洋放线菌, 天然产物, 基因簇, 基因组挖掘, 影像质谱 Nature product discovery of marine actinobacteria by genome mining: strategies and prospects * CHEN Liang-Yu WANG Yu-Mei ZHAO Xin-Qing 基金项目：韩国 Next-Generation BioGreen 21295 项目(No. PJ0080932011) *通讯作者：Tel: 86-411 : xqzhao@ 收稿日期：2013-02-20; 接受日期：2013-04-15 陈亮宇等: 基因组挖掘技术在海洋放线菌天然产物研究开发中的应用及展望 1897 (School of Life Science and Biotechnology, Dalian University of Technology , Dalian, Liaoning 116023, China) Abstract: Genome mining of natural product biosynthesis employs genome sequences to pre- dict the bios