极化连续介质模型PCM.DOC

极化连续介质模型（PCM）Tomasi和他的同事提出的极化连续介质模型（Polarizable Continuum ModelPCM）是一个经常用到的连续溶剂化方法并且这些年来已经有很多的。PCM模型计算分子溶液中的分子自由能为三项的加和：?? ?(1) 这些成分代表了静电的（es）和散射-推斥对自由能（dr）的贡献，和空穴能（cav）。所有这三项都是由以原子位置为中心的连锁范德华球定义的空穴来计算的。反应场是通过位于分子空穴表面的点电荷（表观表面电荷模型）表示的。这里要讨论的PCM的特殊版本是一种用为Hartree-Fock的原子模型来构建空穴。在这种模型中，范德华面是只由定位于重素（非氢元素）的一些球构建的。每个原子的范德华半径是原子类型，连接性，分子总电荷，和连接氢原子数目的一个函数。在评估方程（1）中的三项时，这个空穴的用法稍微有些不同。 当计算空穴能Gca时，采用范德华球定义的表面，溶剂可接近面被用来计算散射-推斥对自由能（dr）的贡献。后表面不同于前一表面，在后者中额外考虑了（理想化的）溶剂半径。在溶液中静电对自由能的贡献 Ges采用一个近似版本的溶剂排斥面，该排斥面通过用因子约化所有的半径，并在之后加入更多的不以原子中心的球，以便得到稍微平滑的表面。定域化和表面电荷的计算是通过系统地将球表面分割成已知面积的计算每个表面元素的一个点电荷来达到的。在Gaussian98中执行PCM/UAHF模型可以用SCRF关键词结合PCM专用修饰词。 溶剂可以用对SCRF关键词给出Solvent= modifier来指定，可接受的溶剂名称是Water（水）, DMSO（二甲亚砜）, NitroMethane（硝基甲烷）, Methanol（甲醇）, Ethanol（乙醇）, Acetone（丙酮）, DiChloroEthane（二氯乙烷）, DiChloroMethane（二氯甲烷）, TetraHydroFuran（四氢呋喃）, Aniline（苯胺）, ChloroBenzene（氯苯）, Chloroform（氯仿）, Ether（乙醚）, Toluene（甲苯）, Benzene（苯）, CarbonTetrachloride（四氯化碳）, Cyclohexane（环己烷）, Hepaten, and Acetonitrile（乙腈）。 附加的选项可以在输入文件的末尾指定并用给SCRF关键词指定Read修饰词来读入。PCM溶剂化模型可以用于HF和DFT水平下的能量计算和梯度计算。 PCM计算产生的输出可以用DUMP选项显著地扩展。下面的例子输入解释Cs对称性的乙醇的水溶剂化自由能的单电能计算（没有几何优化）：#P B3LYP/6-31G(d) scf=tight int=finegrid SCRF=(PCM,Read,Solvent=Water) pcm/b3lyp/6-31G(d) sp ethanol in water (Cs) 0 1 O1 C2 1 r2 C3 2 r3 1 a3 H4 3 r4 2 a4 1 180.0 H5 3 r5 2 a5 4 d5 H6 3 r5 2 a5 4 -d5 H7 2 r7 3 a7 1 d7 H8 2 r7 3 a7 1 -d7 H9 1 r9 2 a9 3 180.0 r2=1r3=1r4=1r5=1r7=1r9=0a3=107a4=110a5=110a7=109a9=107d5=-120d7=-121DUMP 由PCM溶剂化模型引起的附加输出是由负责SCF计算的L502产生的：------------------------------------------------------------------- Solvent: WATER Model : PCM/UAHF, Icomp = 4 Version: MATRIX INVERSION Cavity : PENTAKISDODECAHEDRA with 60 initial tesserae ------------------------------------------------------------------- Nord Group Hybr Charge Alpha Radius Bonde