RNA二级结构中假结的预测研究.pdfVIP

摘 要 RNA 二级结构中假结的预测研究 随着人类基因组计划的进行，大量的序列信息随之而来，这些信息急需收集、处 理和对其进行系统的研究分析，传统的生物方法已经满足不了要求，生物信息学应运 而生。RNA 作为遗传物质的传递者，使得其与蛋白质和 DNA 成为了生物体内最重要 的大分子。通过对RNA 功能与作用的研究，人们逐渐意识到 RNA 也和蛋白质一样， 具有结构的多样性，随着研究的深入，发现 RNA 的功能与其结构密切相关，RNA 结 构的保守性要大于其序列的保守性，确定其结构信息才能使其功能得到更深入的研究， RNA 二级结构预测成为生物信息学中重要的研究方向。 RNA 二级结构预测算法经过多年的发展主要分为：以同源序列为基础的序列比对 算法、基于自小自由能的动态规划算法和通过求解局部最优解来得到全局最优解的启 发式算法。这些算法将各个学科中得方法应用到 RNA 二级结构预测之中，都取得的比 较好的效果，同时这些算法也都有着一定的不足和局限性，尤其是对于假结的预测并 不准确，没有一种算法能够真正全面地解决 RNA 二级结构预测问题，但是这些算法对 于 RNA 二级结构预测研究有着深远的影响。本文主要是使用最小自由能的基本原理， 预测出具有最小自由能的茎区和结构之后再预测假结结构，假结是一种特殊的二级结 构，虽然存在的个数少，但却有着重要的功能，假结结构的预测一直是 RNA 二级结构 预测中的难点问题。本文通过对大量含假结的 RNA 序列数据进行分析之后，提出了使 用假结结构特征的方法来修正和补充现有的假结能量模型，使能量模型更符合真实结 构假结的描述。又提出了基于最小自由能的最优茎区筛选方法，通过不同茎区的组合， 找到所有可以形成 RNA 二级结构的子结构，使用最近邻模型计算出这些子结构的能 量，选择其中具有最小能量的结构组成一个新的预测结构，这样就得到了具有最小自 由能的茎区集合，将其用于假结结构的预测，将可能形成的假结通过假结能量模型进 行评估，如果能使结构的整体能量减小，就说明假结可以形成。 通过与现阶段比较流行的可预测假结结构的算法进行比较分析，本方法有较好的 预测结果。从 RNA 数据库中选取实验数据后，使用本方法进行 RNA 二级结构预测， I 通过实验结果的分析，特异性达到 70.5%，敏感性到达 67.3%，在有些序列的预测中 高于其他的算法，而对于假结的预测，预测出假结的个数多与其他算法，具有较高的 准确度。 关键词： 假结，RNA 二级结构，预测 II Abstract Research on Pseudoknot in RNA Secondary Structure Prediction With the conduct of the Human Genome Project, a large number of the sequence information goes along, the information is badly in need of collecting, processing and systematic research and analysis , as traditional biological metho