_自顶向下_top_down_的_省略_白质组学_蛋白质变体的规模化鉴定_孙瑞祥.pdf

Reviews and Monographs 综述与专论 生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biophysics 2015, 42(2): 101~114 “自顶向下 (top-down)”的蛋白质组学* ———蛋白质变体的规模化鉴定 ** 孙瑞祥 罗 兰 迟 浩 刘 超 贺思敏 ( 中国科学院智能信息处理重点实验室, 中国科学院计算技术研究所，北京100190；中国科学院大学，北京100049) 摘要 高分辨率质谱技术的快速发展使得 “自顶向下”的蛋白质组学(top-down proteomics)研究逐渐成熟起来．在完整蛋白质 水平上研究蛋白质组可以提供更精准、更丰富的生物学信息，特别是对于蛋白质上发生了多种关联性的翻译后修饰的情况． 另外，由于基因突变、RNA 可变剪接和大量蛋白质翻译后修饰的存在，同一个基因往往最终会产生多个 “蛋白质变体” (proteoform)，而要准确地鉴定这些蛋白质变体，也离不开 “自顶向下”的蛋白质组学．在蛋白质水平上的分离技术、质谱技 术与生物信息学技术是完整蛋白质鉴定最关键的三项技术．高效的分离技术是实现规模化蛋白质变体鉴定的前提，有效的质 谱碎裂是提供可靠鉴定的核心，而快速准确的质谱鉴定算法则是数据分析效率的保障．本文对这三项技术进行了详细总结， 重点集中在生物信息学相关技术上，包括对完整蛋白质的质谱数据预处理、数据库搜索鉴定以及翻译后修饰定位等几个计算 问题的讨论． 关键词 “自顶向下(top-down)”的蛋白质组学，串联质谱技术，生物信息学，蛋白质鉴定 学科分类号 Q51 ，TP39 DOI: 10.16476/j.pibb.2014.0078 蛋白质组学是21 世纪初生物学的研究热点， 鉴定数量上接近 “深度覆盖”酵母的全蛋白质组； 其中，规模化的蛋白质鉴定是计算蛋白质组学中的 然而，仍有 14%的蛋白质(538 个)仅鉴定到了一个 [1] 一个基础问题 ． 目前广泛采用的方法是称为“自 肽段，鉴定蛋白质的序列覆盖率平均也仅有18%， 底向上”(bottom-up，BU) 的策略：通常先将蛋白 这说明采用 “自底向上” 以肽段为研究中心的方 质的复杂样品进行酶切产生肽段的混合物，然后通 法鉴定到的蛋白质序列覆盖率很低，大约存在 过液相色谱等技术将这些肽段的混合物进行分离， 10%～20%鉴定到的蛋白质， “仅窥独树，未览森 进而通过质谱技术将肽段碎裂，并根据碎裂谱图中 林”．在这种情况下，当需要从鉴定到的肽段完成 的离子峰信息进行数据库搜索来鉴定肽段，最后将 蛋白质的组装时，由于蛋白质变体(proteoform[5])之 鉴定到的肽段进行组装、推理获得样品中所含有的 间在氨基酸序列上的高度相似性，往往会导致蛋白 [2-3] [6] 蛋白质 ．所谓 “底(bottom)”一般是指肽段，而 质推理结果的不确定性 ，其本质是由于BU 方法 “上(up)” 则是指由肽段到蛋白质的推理过程， 天然的信息缺失所导致的．另外，翻译后修饰之间 “自底向上”蛋白质鉴定策略的基本思想是 “从局 的关联信息往往对生物过程的调控起着关键作用， 部推断整体”． 如果一个蛋白质上同时发生了多个翻译后修饰， 当前，蛋白质的BU 鉴定技术正向着深度和快 BU 分析方法中的酶切过程使得肽段与蛋白质之间 速覆盖全蛋白质组的方向发展，这主要源于质谱采 的归属信息缺失，导致要分析这些不同修饰之间的 集速度的大幅提升．2013 年 10 月Coon 研究组发 [4] 表的论文 实现了一小时鉴定酵母的3 977 个蛋白