物理学研究进展-分子动力学 等离激元篇.doc

物理学领域研究进展 分子动力学/等离激元 一、分子动力学模拟 所谓分子动力学模拟，是指对于原子核和电子所构成的多体系统，用计算机模拟原子核的运动过程，九从而计算系统的结构和性质，其中每一原子核被视为在全部其它原子核和电子所提供的经验势场作用下按牛顿定律运动． 1957年， Alder和Wainwright首先在硬球模型下，采用分子动力学研究气体和液体的状态方程，从而开创了利用分子动力学模拟方法研究物质宏观性质的先例．后来，人们对这一方法作了许多改进，并运用它对f酣体及其缺陷以及液体作了大量的研究．但由于受计算机速度及内存的限制，早期模拟的空间尺度和时间尺度都受到很大限制．21世纪80年代后期，由于计算机技术的飞速发展，加上多体势函数的提出与发展，为分子动力学模拟技术注入了新的活力．分子动力学模拟不仅能得到原子的运动细节，还能像做实验一样进行各种观察．对于平衡系统，可以用分子动力学模拟作适当的时间平均来计算一个物理量的统计平均值．对于非平衡系统，发生在一个分子动力学观察时间内(一般为(1—100)ps)的物理现象也可以用分子动力学计算进行直接模拟．特别是许多在实际实验中无法获得的微观细节，而在分子动力学模拟中都可以方便地观察到．这种优点使分子动力学存物理、化学、材料科学等领域研究中显得非常有吸引力[1-4]。现在每年发表的关于分子动力学模拟有关的文献达千篇．分子动力学模拟虽然不如第一原理模拟精确，但以程序简单，计算量小，可计算的原子体系大大超过第一原理等方法，而保持有巨大的发展和应用前景[5,6]。 对于非平衡系统，其分子动力学模拟的过程包括初始条件和边界条件的确定、牛顿方程的有限差分求解和作为时间函数的感兴趣量的提取．对于平衡系统，其分子动力学模拟的过程与非平衡系统的差别在于感兴趣量及边界条件与时间无关。 分子动力学模拟的初始条件：系统的初始位形和初始速度可以通过实验数据，或理论模型，或两者的结合来决定．如果被模拟的系统具有初始密度分布n(r)和温度分布T(r)，而没有固定的晶格结构，则每个原子的位簧可以从初始密度分布n(r)，用舍选法或Metropolis等方法得到．每个原予的初速度，则可以从初始温度分布T(r)下的Maxwell-Boltzmann分布来随机选取． Maxwell-Boltzmann分布可以用。一l之间均匀分布的随机数发生器的输出通过简单的变换而得到。 周期性边界条件： 周期性边界条件使得我们可以模拟相对小数量的原子来研究物质的宏观物性．沿所有方向的原子原胞的影像提供了周期性的排列．对于二维的例子，每个包有8个近邻，而对于三维则有26个最近邻包．影像包中的原子的坐标可以通过加上或减去包边长的正整数倍得到．如果一个原子在模拟中离开这个包，就等于它的影像原子从反方向进入这个包．由此，包中的原子数可以保持为一常值．对有些模拟，在所有方向都用周期性．边界条件是不合适的．比如在研究表面的分子吸附时，在与表面垂直方向上不能用周期性边界条件，而仅在平行于表面的两个方向，需要应用周期十牛边界条件．周期性边界条件已经被广泛应用于计算机模拟巾，但它也有一些缺点．周期性原胞的明显的限制是它不可能得到波长大于原胞长度的波动．这在一定情况下引起一些问题，比如接近液一气临界点．系统的相耳作用程很重要．对于短程势束说，原胞的尺寸应该小于6no(no为晶格常数)，而对于长程静电相互作用，必须考虑到长程有序带来的误差．这可以通过比较模拟不同的原胞形状和尺寸得到的结果来作经验的估计。 非周期性边界条件： 有些系统须用非周期性边界条件，比如液滴或原予团簇，本身就含有界面；又如非均匀系统或处在非平衡的系统，也可能要用非周期性边界条件．有时候，我们仅对系统的一部分感兴趣，比如表面的性质．在这种情况下，表面应用自由边界条件，而内部可以应用周期性边条件。有时，我们又需要用到同定边界条件，比如在有些单向加载的模拟中．还有时要采用以上介绍的几种边界条件的结合应用，这就是混合边界条件．在具体的应用中要根据模拟的对象和目的来选定合适的边界条件。 分子动力学模拟的基本初衷是在计算机上“重现”自然界的真实过程， 后者包括实际上已经发生的过程，还包括实验条件尚不许可的过程。为此要求势函数越真越好，否则便带来误差。然而，分子动力学模拟还特别适合丁实现那些不必与实验室实验定量符合但能说明或证实一些老胜结论的‘‘思想实验”。例如， F．F．Abraham和Huajian Gao用分子动力学模拟方法研究r裂纹前沿的传播速度是否可能超过Rayleigh波速的问题，得到了肯定的结论。他们用了多达2亿个原子，但是用了简单的l-J势函数使得计算量仍是可以完成的。 二、分子电子学进展研究 分子电子学的概念是伴随着分子作为传统半导体硅工业的替代品而出现的．传统硅基微芯片加工工艺采用自上