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图论分析信号通路,预测缺失路径
图论与信号通路预测 模型分析 细胞信号通路的特征： （1）具有起点（recepter） （2）PPI复杂的网络 （3）结果：酶原的激活，转录因子的激活或抑制等 数学模型 该公式表示一个图，v表示图中的节点（对应蛋白质），E表示图中的边（表示蛋白间存在相互作用） 问题分析 求解的问题 预测在已验证的信号网络中可能未检测去来的路径 就是在G中增加若干条边使信号网络能更好的解释信号传导中的一些现象 由于PPI实验本身存在误差，因此在节点i与j之间的边存在一个在【0,1】上取值的权重，反映准确度 相关假设 （1）Wij=1-sorce Wij表示图中i与j之间的边的权重，sorce表示蛋白相互作用的置信度 （2）Wuv=0；表示在图中新加入的边的权重 （3）每条路径最多具有r条边 问题转换 给定一个图G（V,E）具有一些起点S∈V，和一些终点T∈V，以及每条路径最多具有的边数r,向图中加入k条权重为0的边使所有的起点到终点的路径之和最小 目标函数 ： 算法 贪婪算法（穷举） 最小路径常用的Dijkstra 算法：我们假设B点时AC最短路径中的一点，则求AC最短就必须求AB+BC最短 伪代码 * * 整个过程可以看成从很多个起点（recepters）向一系列的目标传递信息 G=(V,E) Cost=min
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