dna自组装计算模型求解二部图完美匹配问题 the dna self-assembly computing model for solving perfect matching problem of bipartite graph.pdfVIP

ＤＯＩ ：１０ ．７５４４/ｉｓｓｎ１０００‐１２３９ ．２０１６ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ５３（１１）：２５８３ ２５９３ ，２０１６ 　 　 　 　 （　 　 ４３００７４） （ｌａｎｗｅｎｆｅｉ１＠ １６３ ．ｃｏｍ ） ‐ Ｌａｎ Ｗｅｎｆｅｉ ，Ｘｉｎｇ Ｚｈｉｂａｏ ， Ｈｕａｎｇ Ｊｕｎ ，ａｎｄ Ｑｉａｎｇ Ｘｉａｏｌｉ （ ， ‐ ， ４３００７４） 　 Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｙｓｔｅｍｓ ａｒｅ ｆａｒ ｍｏｒｅ ｃｏｍｐｌｅｘ ａｎｄ ｒｏｂｕｓｔ ｔｈａｎ ｓｙｓｔｅｍｓ ｗｅ ｃａｎ ｅｎｇｉｎｅｅｒ ｔｏｄａｙ ， ａｎｄ Ｂｅｃａｕｓｅ ｏｆ ｉｔｓ ａｄｖａｎｔａｇｅｓ ｏｆ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ， ＤＮＡ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｎａｎｏ‐ｓｃａｌｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ．Ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＤＮＡ ｍｏｌｅｃｕｌｅ ｓｅｌｆ‐ａｓｓｅｍｂｌｙ ｓｔｒａｔｅｇｙ ， ｌｏｔｓ ｏｆ ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ ＤＮＡ ｔｉｌｅｓ ａｒｅ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ ａｎｄ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ｓｏｌｖｉｎｇ ＮＰ ｐｒｏｂｌｅｍｓ ．Ｔｈｅ ｔｉｌｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｍｏｄｅｌ ，ａ ｆｏｒｍａｌ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｃｒｙｓｔａｌ ｇｒｏｗ ｔｈ ， ｉｓ ａ ｈｉｇｈｌｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｐａｒａｌｌｅｌ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｎａｔｕｒｅ ’ｓ ｓｅｌｆ‐ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｔｒａｉｔｓ ｏｆ ｈｉｇｈｌｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｐａｒａｌｌｅｌ ， ｍａｓｓｉｖｅ ｓｔｏｒａｇｅ ｄｅｎｓｉｔｙ ａｎｄ ｌｏｗ ｐｏｗｅｒ ｃｏｎｓｕｍｐｔｉｏｎ ．Ｉｎ ｔｈｅ ｓｙｓｔｅｍ ，ａ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｃａｎ ｂｅ ｃｏｍｐｕｔｅｄ ｂｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｓｔｉｃ ａｓｓｅｍｂｌｙ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｔｗｏ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｑｕａｎｔｉｔｉｅｓ ： ｔｈｅ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｔｉｌｅ ｔｙｐｅｓ ａｎｄ ｔｈｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｓｐｅｅｄ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎ ． Ｈｅｒｅ ａ ＤＮＡ ｓｅｌｆ‐ａｓｓｅｍｂｌｙ ｍｏｄｅｌ ｆｏｒ ｐｅｒｆｅｃｔ ｍａｔｃｈｉｎｇ ｐｒｏｂｌｅｍ ｏｆ ｂｉｐａｒｔｉｔｅ ｇｒａｐｈ ｉｓ ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｄ ，ａｎｄ ａ １０‐ ｖｅｒｔｉｃｅｓ ｂｉｐａｒｔｉｔｅ ｇｒａｐｈ ｉｓ ｕｓｅｄ ａｓ ａｎ ｅｘａｍｐｌｅ ｔｏ ｉｌｌｕｓｔｒａｔｅ ｔｈｉｓ ｍｏｄｅｌ ． Ｔｈｅ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎ ｉｓ ｎｏｎｄｅｔｅｒｍｉｎｉｓｔｉｃ ａｎｄ ｅａｃｈ ｐａｒａｌｌｅｌ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｉｓ ｅｘｅｃｕｔｅｄ ｉｎ ｔｉｍｅ ｌｉｎｅａｒ ｉｎ ｔｈｅ ｉｎｐｕｔ ．Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔ ｓｈｏｗ ｓ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌ ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ ｃａｎ ｂｅ ｆｏｕｎｄ ａｍｏｎｇ ｔｈｅ ｍａｎｙ ｐａｒａｌｌｅｌ ａｓｓｅｍｂｌｉｅｓ ，ａｎｄ ｉｔ ｒｅｑｕｉｒｅｓ ｏｎｌｙ ａ ｃｏｎｓｔａｎｔ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｔｉｌｅ ｔｙｐｅｓ ：１４ ． 　 ｅｒｆｅｃｔ ｍａｔｃｈｉｎｇ ；ｂｉｐａｒｔｉｔｅ ｇｒａｐｈ ；ＤＮＡ ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ ；ｓｅｌｆ‐ａｓｓｅｍｂｌｙ ；ｔｉｌｅ ｐ 　 　 ，ＤＮＡ ．， １０ ，ＤＮＡ ＤＮＡ Ｔｉｌｅ 、 ；， ；，ＤＮＡ ．：１４ Ｔｉｌｅ ． 　 ；；ＤＮＡ ；； 　 ＴＰ３０１ ．６ － － － － 　 ：２０１５ ０４ ２２ ；：２０１６ ０４ ２８ 　 ：；（ＣＺＺ１３００３ ）；２０１５ Ｔｈｉｓ ｗｏｒｋ ｗａｓ ｓｕｐｐｏ