barnase早期热变性位点的动力学模拟研究 early denaturation sites in thermal unfolding of barnase as revealed by molecular dynamics simulation.pdfVIP

第 30 卷 第 11 期 计算机与应用化学 Vol.30, No.11 2013 年 11 月 28 日 Computers and Applied Chemistry November 28, 2013 Barnase 早期热变性位点的动力学模拟研究 1,2 1* 傅毅 ，吴小俊 (1. 江南大学物联网工程学院，江苏，无锡，214122 ； 2. 无锡城市学院电子信息工程系，江苏，无锡，214153) 摘要：解淀粉芽孢杆菌核糖核酸酶Barnase 是解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)产生的一种 12 kD 的胞外小分子RNA 酶(Ribonuclease，RNase) ，在农业、医疗、制药等领域有广泛的应用前景。该酶包含 3 个螺旋，5 个折叠，由于没有二硫键限制 其解折叠状态，非常适合作为模型系统研究蛋白质的折叠问题。使用分子动力学模拟对 Barnase 的热解折叠进行研究，通过对 Barnase 分别在 5 个不同温度下运行动力学模拟，研究在热解折叠路径上蛋白质的结构与稳定性的关系，通过分析不同温度下蛋 白质的结构变化来寻找其解折叠重要区域和蛋白质不同区域的热稳定性的差别。实验发现在温度400 K 的时候可以观察到蛋白 质开始发生解折叠，高温下 Barnase 的初始解折叠发生在N 端；酶中 loop1 和 loop2 的不稳定使得疏水核2 相对快速地变性；α3 螺旋比其他 2 个 α螺旋要开始解折叠的早；疏水核 3 中的β折叠的破裂开始于β1 凸起附近和β1 和β5 的边缘部分。模拟结果 显示蛋白质的稳定性并不是均衡的分布于蛋白质之中，在蛋白质全局结构被破坏前，早期变性位点所位于的局部结构就开始发 生解折叠，因此通过适当的氨基酸来替换这些位点，则可能设计出更稳定的满足需要的突变体。 关键词：解淀粉芽孢杆菌核糖核酸酶；解折叠；热稳定；氢键；分子动力学模拟 中图分类号：TP391.9 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2013)11-1305-1309 DOI: 10.11719/com.app.che 生物学功能，如控制肿瘤血管生成，杀灭肿瘤细胞及抑 1 引言 [8] 制病毒的复制等，引起人们的广泛关注 。 很多生物可以适应不同的环境和不同的温度。通过 国内关于Barnase 的报道多数集中于：对其基因的克 对同源蛋白的嗜热菌和嗜温菌的研究表明，蛋白质具有 隆研究，发酵产 Barnase 等[9-11] ，关于其三维结构、构像 类似的结构，可以执行类似的功能，但又有非常不同的 变化的研究却鲜少报道。由于 Barnase 是小分子蛋白质， 稳定性。因此，设计突变型蛋白质以增加野生型蛋白质 且不包含二硫键，非常适合作为模型系统研究蛋白折叠、 所不具有的稳定和类似的生物学功能是非常吸引研究兴 蛋白识别、蛋白质-蛋白质之间的相互作用。本文采用 趣的，同时也可以促使我们在分子水平上更深入的了解 Barnase 为模型研究该蛋白质因为热能影响如何发生解 这些生物适应的特异性[1-4] 。蛋白质的功能是由其特定的 折叠，通过研究热压力下蛋白质的逐步解折叠，可以帮 结构来决定的，要深入地理解蛋白质是如何去适应高温