分子动力学模拟hewl晶体在不同环境中的动力学行为 the molecular dynamics simulation of hewl in different conditions.pdfVIP

第27卷第2期 计算机与应用化学 V01．27，No．2 2010年2月28日 and Chemistry February，2010 ComputersApplied 分子动力学模拟HEWL晶体在不同环境中的动力学行为 丁伟。，刘国宇，于涛，曲广淼 (大庆石油学院化学化工学院，黑龙江，大庆，163318) 摘要：简要阐述分子动力学模拟的原理及步骤，介绍研究溶菌酶的一般方法和优缺点。在Ubuntu操作系统环境下， 利用Gromaes软件和其自带的Gromos96力场，通过分子动力学模拟(MD)鸡蛋清溶菌酶晶体(chickenegg-whitelyso- gyme，HEWL)溶液，考察真空、水溶液和加入NaCI3种不同环境条件对溶菌酶晶体构象动力学行为的影响，发现无 论从均方根位移(咖|sd)、回旋半径、还是从B因子值的轨迹图分析，HEWL在水溶液特别是加入抗衡离子(Na+。 data cl‘)的水溶液的环境下的结构更稳定、合理，与(proteinbank)数据库的真实情况相符。原因是Cl’与溶菌酶晶 体在界面处发生了吸附现象，局部形成溶菌酶一cl。复合物，抑制了蛋白一水合物中水分子在相邻水合位置间的跳跃， 从而使单晶体在离子液态中更加稳定。模拟结果表明，在pH值6．5，等电位点13．1，总电荷7．9996的体系下，影 响HEWL的吸附位点为123号残基(色氨酸)，对从分子水平上解释HEWL晶体的动力学吸附行为具有重要指导意 义。 关键词：分子动力学模拟；动力学行为；计算机模拟；溶菌酶；环境条件 6-39 中图分类号：O645；TQ015．9；0 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2010)02-173．178 1 引言 很可能比整个分子更高的原因，或其破坏细胞壁的具体作 用过程，因此对生物化学工程和设计也就起不到指导作用。 溶菌酶最早是英国细菌学家弗莱明在1922年(6年之 事实上，蛋白质分子的功能极度依赖于其结构由未发挥功 后才发现青霉素)发现的，当时在人的唾液、眼泪中发现这 能时向发挥生理功能时状态的转化过程，亦即与蛋白质的 种能够溶解细胞壁杀死细菌的酶，因而命名为溶菌酶…。 动态结构特性密切相关。 它是可以从鸡蛋清中提取出的碱性球蛋白，其全称为l，4- 为考察HEWL所处的环境对其动态构象的影响，并保 B-N溶菌酶，化学名称为N-乙酰胞壁质聚糖水解酶，通常 证蛋白质在分子水平上的均一和稳定”J，本文采用分子动 为白色或微白色的晶体性或无定性粉末，无臭，甜味，是一 力学模拟(molecular 种典型的“模型”蛋白。Phillips【21等人于1965年用x射线晶 菌酶晶体构象动力学的行为。目前。国内学者用MD方法研 体结构分析法阐明了溶菌酶的三维结构，其分子结构是由 究HEWL晶体动力学特性的还很少，国外Hery【。1等人通过 18种129个氨基酸残基组成的肽链，整个分子大小为4．5 MD方法模拟了HEWL水溶液体系，并将MD分析得到的均 nm×3．0nm×3．0 nm，分子量为14307，