分子模拟在木素研究中的应用 the applications of molecular modeling in lignin research.pdfVIP

第26卷第10期 计算机与应用化学 V01．26，No．10 and October，2009 2009年lO月28日 ComputersApphedChemistry 分子模拟在木素研究中的应用 刘鸿斌，沈文浩’，武书彬 (华南理工大学制浆造纸工程国家重点实验室，广东，广州，510640) 摘要：分子模拟作为近年发展起来的一门综合性的计算化学技术，越来越受到油田化学、催化剂研制、高分子设计及 化学工程等领域的广泛重视。它与实验技术一起成为研究木素分子结构、性质及生物合成机理的有效工具。文章 介绍包含分子力学法、分子动力学法和量子力学法在内3种常用的分子模拟方法并综述其在木素研究中的应用，同 时指出分子模拟的不足及其发展方向。 关键词：分子模拟；木素；结构；生物合成 中图分类号：0641；TS71+2；T0015．9；06-39文献标识码：A 1 引言 们的简介。 2．1分子力学法 木素是仅次于纤维素的第2位陆生有机高聚物，生物圈 分子力学法是从上个世纪70年代依据经典力学发展起 中的有机碳大约有30％来自木素。木素在增强植物茎千的 来的分子模拟方法，其基本原理是依据分子力场，按照波恩一 抗压强度、保护植物免受病原体感染和增强细胞壁的抗水性 奥本海默近似，将系统能量看成是原子核坐标的函数，在忽 等方面有重要作用。然而，木素的存在给生物质组分分离等 略电子效应的简化情况下，计算复杂分子的稳定构象、热力 造成困难，并且与植物纤维化学法制浆与漂白等工艺密切相 学特性及振动光谱数据¨o。 关，动物饲料中的木素也不利于牲畜的消化和营养吸收…。 分子力学法研究的是体系的静态性质，描述基态原子结 近年来，随着生物质转化为生物燃料研究的兴起，木素化学 构的变化，其核心足分子的力场。分子力场是原子分子尺度 结构及其热化学解聚规律等方面的研究已经成为当前研究 上的1种势能场，该势能场通过由键长、键角、二面角、非键 的热点之一【21。 相互作用以及一些力场常数组成的势能函数，去计算伴随分 木素研究的首要问题是如何从纤维原料中获得具有代 子结构改变的体系能量变化。力场常数可以通过理论计算 表性的原本木素。2003年，Wu”o提出1种从阔叶材、针叶材 (如从头算)或实验数据(如光谱数据)拟合而得。 纤维中分离木素的新颖方法，用该方法分离出来的木素具有 2．2分子动力学法 得率高、纯度高的优点，但至今为止，还没有办法可以完整地 分子动力学法是在分子力学力场基础上，根据牛顿运动 分离出具有代表性的、纯净的天然木素。木素组成和结构复 力学原理发展起来的计算方法，可以同时获得系统的动态和 杂、无序，故研究木素有很多困难。近年来，随着分子模拟理 热力学统计数据，其基本模拟过程是：在一定系综(满足一定 论的逐步完善以及计算机软硬件技术