分子标记多位点排序的并行计算 parallel computation for ordering linkage group of molecular markers.pdfVIP

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2017-10-15 发布于上海
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分子标记多位点排序的并行计算 parallel computation for ordering linkage group of molecular markers.pdf

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分子标记多位点排序的并行计算 parallel computation for ordering linkage group of molecular markers

第32卷第1期计算机应用研究 V01．32No．1 2015年1月 Researchof Jan．2015 Application Computers 分子标记多位点排序的并行计算蒋安纳8，徐逸卿8，董程玲8，童春发6 (南京林业大学a．信息科学技术学院；b．森林资源与环境学院，南京210037) 摘要：为了对一组连锁的分子标记位点获得正确的排序进而构建生物遗传连锁图谱，提出了并行算法PM． MASLH，针对砣作图群体，通过基于消息传递接口并行最大最小蚂蚁系统求解连锁的多个分子标记位点排序，使用隐马尔可夫模型计算一列有序标记位点所获得的极大似然值作为排序的目标函数。计算机模拟结果表明，该算法执行效率高、计算稳定，排序的功效优于著名的连锁作图软件Mapmaker。关键词：分子标记排序；并行计算；最大最小蚂蚁系统；隐马尔可夫模型；F2群体中图分类号：TPl81；TP301．6文献标志码：A 文章编号：1001-3695(2015)01—0075．05 doi：10．3969／j．issn．1001-3695．2015．01．018 Parallel for ofmolecularmarkers computationorderinglinkagegroup JIANG Chun·fa6 An—na8，XU Yi-qin98，DONGCheng·lin98，TONG (o．CollegeofInformationScience＆Technology，b．CollegeofForestResources＆Environment，肫彬ngForestryUnivers／ty，Ⅳ口彬n9210037， China) ordertosortthe ofmolecularmarkersfor the Abstract：In linkagegroup geneticlinkagemap，this constructing paperpresen— teda namedPMMASLH．Itwasbasedonmax-rainant for a numberoflinked parallelalgorithm system，proposedorderinglarge ilaanF2 molecularmarkers chosethe functionof asthelikelihoodofanorderdmarkerswitIlhid- population．Itobject ordering denMarkovmodelmethod．Thesimulation showthatthe isof and its experiments algorithmhishefficiencystability，andpower ismuch thanthatofthefamous higher linkagemappingsoftware，Mapmaker． marker ant Markov words：molecular Key orde