环境微生物群落功能研究的新方法和新策略.pdfVIP

第28卷第 9期 生 态 学 报 Vo1．28，No．9 2008年9月 ACTA EC0L0GICA SINICA Sep．，2008 环境微生物群落功能研究的新方法和新策略 魏 力，杨成运，李友国 (农业微生物学国家重点实验室 华中农业大学，武汉 430070) 摘要：微生物群落在驱动生物地球化学循环中扮演着重要角色，传统的研究方法可对微生物群落进行遗传结构的解析，但不能 有效地与功能研究耦联。概述了近年发展起来的基于核酸和蛋白质水平的分子生物学新方法——环境mRNA和rRNA同时荧 光原位杂交 (FISH)、寡核苷酸微阵列技术 (OligonucleotideMicroarray)、稳定性 同位素联合宏基 因组学 (SIP—enabled Metagenomics)和环境蛋白质组学 (Metaproteomics)在环境微生物群落功能研究中的应用，并且对其发展趋势进行了分析和 展望 。 关键词：微生物群落功能；荧光原位杂交；寡核苷酸微阵列；SIP．宏基因组学；环境蛋白质组学 文章编号：1000．0933(2008)09．4424。06 中图分类号：QI46，Q938 文献标识码：A New approachesand strategiesfor studyingfunctionsofenvironmentmicrobial communities WEILi，YANG Cheng—Yun，LIYou-Guo StateKeyLaboratoryofAgriculturalMicrobiology，HuazhongAgriculturalUniversity，Wuhan430070，China ActaEcologicaSinica，2008．28(9)：4424～4429． Abstract：Microbialcommunitiesplaycriticalrolesin globalbiogeochemistrycyclingofmanyelements．However，the classicalmethodsforstudyingsuchcommunitiescanonlyprovideincompletegeneticstructuredata，butcannoteffectively link microbial community sturctures to theirfunctions．This minireview summarizes the recentdevelopments and applicationsofsomebiomolecularmethods．TheseincludetheuseofmRNA andrRNA simultaneousfluorescenceinsitu hybridization，oligonneleotide microarrays， stable isotope enrichments， and other aspects of Metagenomics and Metaproteomics．Furthermore，futuretrendsandperspectivesarealsodiscussed． KeyWords：functionsofmicrobial communities；fluorescencein situ hybridization；oligonucleotidemicroarray；stable isotopeenabledmetagenomics；metaproteomics 微生物群落在地球生物化学循环中起着非常重要的作用，它是营养循环、生物地化循环及天然和人源废 物降解的主要驱动者 。然而，由于微生物生理和遗传的分析主要是针对可培养微生物的研究，因此人们对 群落结构和活性的认识是非常有限的。在地球各种生境 中，微生物表现出极大的多样性。然而相 比人们基 基金项 目：国家863高技术研究发展计划研究专题资助项 目(2006AA06Z350)；华中农业大学人才启动费资助项 目(2005XRC026) 收稿 日期：2007．06—02；修订 日期：