核酸适配体筛选的那些事.PDFVIP

核酸适配体筛选的那些事 ——罗昭锋老师与群友的第一次交流记录 背景介绍： 核酸适配体技术自发明以来，受到广泛的关注。适配体相比于抗体来说，具 有稳定、易制备、无需使用动物、分子量小、储存运输简单、靶标广泛、可体外 扩增、筛选快速等多种优势。看过上面的文字，你一定会为适配体的美好前景所 吸引，但令所有从事适配体筛选工作者汗颜的是，适配体经过了二十多年的发展， 至今并没有得到广泛的应用。原因何在？答案很简单：筛选困难。这是我经过多 年摸索以及与国内外众多学者交流得出的结论。如果你不相信，去用aptamer+ thrombin 检索一下，看看有多少文章？所有与aptamer 相关的文章中，只有不到 5%是做筛选的，95%都是做应用的，而应用的文献中，815 篇都与thrombin 有关， 有六七种aptamer 在超过一半以上的应用文献中使用。为什么这些作者都用这几 种aptamer 呢？因为好用的aptamer 太少了。这也从另一个侧面反应：aptamer 筛选并不像看起来那么简单。 国内很多早期做筛选的团队逐渐放弃了筛选，而很多从未接触过aptamer 的 团队以无为的气概开始了aptamer 的筛选征程。如果全靠自己摸索，除非你有很 高的实验天赋和悟性，否则三年两载筛不出来，是太正常不过的事了。 在网上组织在线交流，就是希望大家能少走一些弯路。如果你发现我的解答 不正确或者有更好的答案，希望能反馈给我，因为这会使更多人受益。 罗昭锋简介： 中科大生命科学实验中心老师，兼从事核酸适配体筛选技术研究，并主讲《文 献管理与信息分析》。致力于推广科研相关工具，帮助科研工作者提高效率。倡 导交流、分享与协作 （science2.0 ），推动我国核酸适配体研究快速发展。 由于较少上QQ，所以除非约定的时间外，其它时间很少能回复QQ 上的问 题。如有需要，可以通过邮箱联系我：smilesun 【at 】 以下由群友整理： 交流地点：QQ 群 群名称：适配体aptamer/selex 交流 群号：134854978 交流时间：2012 年9 月23 日晚8 点 下次在线交流时间：2012 年10 月21 日晚8 点 2012 年9 月23 日晚8 点，罗昭锋老师在适配体群中与大家进行交流，解答了大 家在适配体筛选中遇到的许多问题，现将问题简单整理，可能整理的会有些错误 请大家多多指教~~~~ 问1：在做适体的PCR 时候，循环数怎么确定呢？15 个循环的量会不会不够呢？ 罗老师答:关于PCR 循环数的问题，有多篇文献讨论过。2006 年加拿大的，2010 年中国的一篇文献。文献如下，但这两篇文章的结果都是基于非变性CE 电泳得 出的结论，我本人认为并不可靠。建议利用Q-PCR 来摸索扩增循环数，到达平 台期再扩4-5 个循环。但是这个问题还没有人能说清楚究竟多少循环合适。 罗老师给出上面提到的两篇文献相关信息，同时提出自己对文章结论的一些怀疑。 文章指出以不能出现非特异条带为准。文中所说的非特异条带，罗老师花了很长 时间研究，其实就是不完全退火造成的，也就是说，如果用变性胶跑电泳的话， 这些都是特异的产物。 1 Musheev, M. U. Krylov, S. N. Selection of aptamers by systematic evolution of li gands by exponential enrichment: Addressing the polymerase chain reaction issue. An alytica Chimica Acta 564, (2006) 91-96. 2 Ji, Y., Wang, Q. Q., Fu, J., Gao, X. Song, H. F. Optimization of Polymerase Chai ns Reaction Amplification for ssDeoxyribonucleic Acid Library Using Capillary Elect rophoresis with Laser-induced Fluorescence Detection. Chinese Journal of Analytical Chemistry 38, (2010) 622-626. 问2 ：前几轮荧光定量PCR 扩增后看扩增曲线到达平台后容易下探头，这是为 什么呢？ 罗老师答：往下走是正常的。我们用Q-PCR 的曲线来检测筛选