剖析分子生物学第三章 生物信息的传递(上).ppt

RNA的化学修饰具有位点特异性。核仁RNA(snoRNAs)参与RNA的化学修饰。 核仁RNA(snoRNAs)能通过碱基配对的方式，把rRNA分子上需要修饰的位点找出来。 snoRNA上的D盒是甲基化酶的识别位点。 当RNA出现发卡式结构会导致RNA聚合酶的暂停，破坏RNA-DNA杂合链5‘端的正常结构。 寡聚U的存在使杂合链的3’端部分出现不稳定的rU·dA区域。 两者共同作用使RNA从三元复合物中解离出来。 终止效率与二重对称序列和寡聚U的长短有关，随发卡式结构(至少6bp)和寡聚U序列(至少4个U)长度的增加，终止效率越高。 3.4.2 依赖于ρ因子的终止 ρ因子是NTP酶，它催化NTP的水解促使新生RNA链从三元转录复合物中解离出来而终止转录。 依赖于ρ因子的转录终止区DNA序列无共性，ρ因子不能识别终止位点。 ρ因子附着在新生的RNA链上，沿5’→3’ 朝RNA聚合酶移动，达RNA的3‘-OH端后取代终止位点上的RNA聚合酶，使之从模板DNA上释放出来，同时释放mRNA，完成转录过程。 3·5 内含子的剪接、编辑及化学修饰 3·5·l RNA中的内含子 真核断裂基因表达伴随着RNA的剪接过程,从mRNA前体中切除内含子(intron)的非编码区，并使外显子(exon)的编码区拼接成成熟mRNA。 真核基因大多是断裂的，即一个基因可由多个内含子和外显子间隔排列而成。内含子在真核基因中所占的比例很高，可超过99%。 核不均一RNA(hnRNA) →5‘加“帽”和3’加尾→剪接→可读框(open reading frame，ORF) →核孔→细胞质→蛋白质合成的模板。 不同生物细胞内含子的边界处存在相似的核苷酸序列。 GU-AG和AU-AC分别是不同内含子的5’和3’边界序列。 内含子内部的部分序列都有可能参与内含子的剪接。 3·5·2 RNA的剪接 核内RNA(如Ul，U2，U4，U5和U6)以及与这些RNA相结合的核蛋白(被称为snRNPs)参与RNA的剪接。 mRNA﹢snRNP→RNA-RNP复合物。 Ul snoRNA识别mRNA前体5‘剪接点。 U2AF识别3剪接点→ U2 snRNP →剪接前体(Pre-spliceosome) →剪接前体﹢三聚体(U4、U5、U6 snRNP) → 60 S剪接体→ RNA前体剪接。 哺乳动物细胞中，mRNA前体上的snRNP是从5‘向下游“扫描”，选择在分支点富嘧啶区3’下游的第一个AG作为剪接的3’受点。 AG前一位核苷酸可以影响剪接效率，一般说来，CAG＝UAGAAGGAG。若mRNA前体上同时存左几个AG，可能发生剪接竞争。 I、Ⅱ类内含子能进行自我剪接。在I类内含子切除体系中，鸟苷或鸟苷酸的3-OH作为亲核基团攻击内含子5端的磷酸二酯键，从上游切开RNA链。再由上游外显子的自由3-OH作为亲核基团攻击内含子3’位核苷酸上的磷酸二酯键，使内含子被完全切开，上下游两个外显子通过新的磷酸二酯键相连。 在Ⅱ类内含子自我剪接中形成套索状结构。通过剪接上下游两个外显子通过新的磷酸二酯键相连。 3·5·3 RNA的编辑和化学修饰 真核生物RNA剪接使基因表达比原核生物增加一个步骤，但DNA的实际编码序列没有发生变化。 RNA的编辑(RNA editing) 导致DNA所编码的遗传信息的改变，因经编辑的mRNA序列发生了不同于模板DNA的变化。 点突变编辑 哺乳动物载脂蛋白mRNA的编辑：下图分别是该基因的DNA序列以及在哺乳动物肝脏和肠组织中分离到的mRNA序列。载脂蛋白基因编码区共有4563个密码子，在所有组织中其DNA序列都相同。 在肝脏中，该基因翻译成4563个氨基酸的全长蛋白质。 在肠中合成只含2153个氨基酸蛋白质，该蛋白仅是全长载脂蛋白的N端。 因第2153位密码子从CAA突变为UAA，C→U突变使编码谷氨酰胺的密码子变成了终止密码子。 RNA编辑的另一种形式是尿苷酸的缺失和添加。由指导RNA(即guide RNA)来完成，指导RNA含有与编辑后mRNA相互补的核苷酸序列。 3·3·1 原核生物mRNA的特征 1· 原核生物mRNA的半衰期短 细菌基因的转录与翻译是紧密相联的，基因转录一旦开始，核糖体就结合到新生mRNA链的5’端，启动蛋白质合成，而此时该mRNA的3’端还远远没有转录完全。 3·3·1 原核生物mRNA的特征 1· 原核生物mRNA的半衰期短 在电子显微镜下，我们可以看到一连串核糖体紧紧跟在RNA聚合酶后面。 绝大多数细菌mRNA的半衰期很短，mRNA降解紧随着蛋白质翻译过程发生。转录开始1 min后，降解就开始了，当mRNA的5端开始降解时，其3端部分仍在合成或被翻译。mRN