microRNA相关数据库.ppt

microRNA相关数据库简介 蒋丽丽 Guangzhou Medical University 关于microRNA miRNA，一种广泛存在于真核生物中的内源性单链小分子RNA(~22nt)，特异性抑制基因翻译; 1993年，Lee等在秀丽新小杆线虫中发现第一个可时序调控胚胎后期发育的miRNAlin-4；2002年，Reinhart等又在线虫中发现第二个异时性开关miRNA家族let-7; 现有发现已证明miRNA在真核生物基因调控中起着重要作用，广泛参与了细胞增殖、分化、发育、代谢、凋亡等多种生理活动。 microRNA 的成长过程 microRNA信息网站 / 用于搜索某一目标microRNA的基本信息 靶标预测网站 / /microrna/home.do http://pictar.mdc-berlin.de/ /miRDB/ / /microrna/home.do http://pictar.mdc-berlin.de/ /miRDB/ miRNA预测原则和软件介绍 1. 序列互补性： 位于miRNA 5’端种子序列（第2-7nt）与靶基因3’UTR可形成Watson-Crick配对是所有miRNA靶基因预测的最重要因素； 配对形式： 7mer-1A site：多数情况下为7nt匹配：第2-7nt与靶基因呈互补配对，外加在靶基因对应miRNA第一位核苷酸处为A； 7mer-m8 site：miRNA第2-8nt与靶基因完全配对； 8mer site：而对于miRNA第2-8nt与靶基因完全配对，且外加靶基因对应miRNA第一位核苷酸处为A，其特异性更高； 6mer site：miRNA第2-7核苷酸与靶基因完全配对这种方式，其用于搜索靶基因的敏感性更高，特异性相应下降。 8mer7mer-m87mer-1a 2. 序列保守性及其它因素： 序列保守性：miRNA结合位点在多个物种之间如果具有保守性，则该位点更可能为miRNA的靶位点。 热动力学因素：miRNA/target对，形成的自由能越低，其可能性越大。 位点的可结合性：mRNA的二级结构影响与miRNA的结合形成双链结构的能力。 UTR碱基分布：miRNA结合位点在UTR区的位置和相应位置的碱基分布同样影响miRNA与靶基因位点的结合和RISC的效率。 miRNA的分布与靶基因组织分布的相关性也是在做靶基因预测时要考虑的重要因素。 用于miRNA靶基因预测的软件种类很多，包括miRanda, EMBL, PicTar, TargetScan(S), DIANA-microT 3.0, PITA, ElMMo, rna22, GenMiR++, TarBase, miRBase, miRGen-Targets等。 虽然现有的几种预测程序在技术细节上有所不同，但它们预测的基本原理相似，都是基于miRNAs与靶标的结合机制。 2003年，Stark等通过程序对黑腹果蝇全基因组搜寻鉴定潜在的miRNA靶标首先得到成功。 因为黑腹果蝇全基因组序列提供了丰富而且精确的3’UTRs的信息。 把果蝇的3’UTRs与拟南芥、果蝇和冈比亚按蚊的3’UTRs比对找出保守3’ UTRs的序列组成一个保守的3’UTRs数据库，然后用HMMer比对搜寻工具搜寻该数据库与已知miRNA第2-8个核苷酸完全互补配对的3’UTRs序列，再用mfold软件判断miRNA靶标复合体的热力学稳定性。 此方法预测出果蝇许多未知的靶标，其中有6个靶标得到实验验证。 Enright等建立的miRanda法是第二个公布的miRNAs靶标预测法。其编程原理依据主要是：通过得分矩阵计算出互补程度大小，寻找互补性最高的3’ UTRs；利用vien-naRNA计算miRNAs和靶标复合体热力学稳定性，并淘汰不能形成双连体的假阳性靶标。 TargetScan为了在预测的开始过程排除假阳性，首先要求seed严格配对，延伸序列直到不配对的区域，然后根据保守性原则，淘汰不具有3’UTRs保守序列的分子，最后运用RNAFold进行热力学稳定性筛选。 根据miRNA-靶标复合体热力学稳定性这一特性建立的预测法有PicTar、RNAHybrid等。 预测软件的效能 找到的target不一定会有功能；而有很多不保守的seed match区域找到了一些有功能的miRNA target site ； 综合多个数据库和软件预测结果； 综合多方面实验线索和实验证据。 靶基因的验证试验 关于芯片数据库 GEO 是由 NCBI 在 2000 年开发的一个基因表达和杂交微阵列数据仓库，同时作为获取来自不同生物体的基因表达数据的在线资源。 到 2004 年 3 月，数据仓库中包含内容有 605 个 Platform ， 14391 个