副干酪乳杆菌乳酸脱氢酶的生物信息学分析.pdfVIP

250 2011, Vol. 32, No. 17 食品科学 ※生物工程 1 2 2, 赵 婷 ，姚雯轶 ，王立梅 * (1.苏州大学基础医学与生物科学学院，江苏 苏州 215123 ； 2.常熟理工学院发酵工程技术研究中心，苏州市食品生物技术重点实验室，江苏 常熟 215500) 目的：分析和预测副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase，LDH)基因及其 编码蛋白的结构和特性，以指导其生物学功能的实验研究。方法：利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)和瑞士 生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY) 中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具，结合其他生 物信息学分析软件，如 ClustalX 、VMD ，从数据库中得到乳酸脱氢酶基因，分析、预测该基因编码的蛋白理化 性质、翻译后的修饰位点、拓扑结构、二级结构、三级结构和功能域。并与其他微生物的乳酸脱氢酶蛋白序列 进行比对，得出它们的保守序列。结果：该基因编码 335 个氨基酸，其蛋白理论分子质量为 36608.8u ，预测该 蛋白有 3 个跨膜区。与干酪乳杆菌的乳酸脱氢酶进化关系最近。结论：应用生物信息方法可预测得到副干酪乳杆 菌的乳酸脱氢酶的结构与功能方面的信息。 副干酪乳杆菌；乳酸脱氢酶；生物信息学 Bioinformatic Analysis of Genes Encoding Lactate Dehydrogenase from Lactobacillus paracasei 1 2 2, ZHAO Ting ，YAO Wen-yi ，WANG Li-mei * (1. School of Biology and Basic Medical Sciences, Soochow University, Suzhou 215123, China； 2. Key Laboratory of Food and Biotechnology, Center of Fermentation Engineering, Changshu Institute of Technology, Changshu 215500, China) Abstract ：Objective: To analyze and predict the structure and characteristics of lactate dehydrogenase from Lactobacillus paracasei for guiding experimental studies of its biological functions and application. Methods: Bioinformatic tools provided by the NCBI website and ExPasy as well as bioinformatic software packages such as ClustalX and VMD were used to identify sequence encoding LDH protein from database. The characteristics including physical-chemical characteristics, post-transla- tional modific