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基因體科學(8) 基因舞者 談基因體上的跳躍單元 Dancers in the Genome – Mobile elements 台灣大學謝豐舟教授 人類的基因體已知具有3X109鹼基對，其中屬於獨特序列（unique or single copy DNA意即整個基因體上只有一個copy）的部分約佔45％，另外55％則是反覆序列（repetitive sequence）。基因體中的主角當然是基因，垃圾真是如此不堪嗎？近來對基因體的研究，學者慢慢瞭解這些反覆序列不僅是建構基因體的重要成分，更是形塑基因體性狀和功能的基因體工匠（genome artisan）。 反覆序列的分類(圖1) 反覆序列可以分為兩大類，其一為串聯反覆序列（tandem repeat）。這是一些單位序列反覆地再現，缺乏具體的組織結構；它包括（1）微衛星（microsatellite）：由2–10個鹼基的基本序列組成反覆數次到數十次，如(CA)n（2）迷你衛星（minisatellite）：由20–100個鹼基的基本序列反覆組成，可達500–20,000個鹼基的長度（3）端粒序列（telomere）位於各染色體的遠端，其一般結構為5′–(T/A)1-4 (G)1-8–3′。 串聯反覆序列約佔人類基因體的10–15％，它們通常聚集在染色體上的某些區段，例如染色體1號、9號、16號的長臂近端以及Y染色體的長臂。在每一個染色體的中心粒都有稱為α–衛星（α–satellite）的反覆序列，這是以171個鹼基為基本單位的反覆序列，據信α–衛星與細胞分裂時染色體的分離（segregation）有關。串聯反覆序列有人將之統稱為衛星（satellite）DNA，原因是早期在研究DNA時，使用Cesium chloride density gradient進行離心，大部分的DNA(含前述的獨特序列DNA)自成一區，而這些串聯反覆序列DNA較輕，所以另外集合成較小的三區，恰似行星旁邊的衛星，因此習慣上以衛星來稱呼這些串聯反覆序列(圖2)。讀者要注意，此一衛星與acrocentric染色體（13,14,15,21,22號）上的衛星不同，後者是型態上像染色體頭上長出兩粒，性質上則是好幾百個copy的ribosomal RNA gene，與前述串聯反覆序列的衛星完全不同，不可混淆。 散落性反覆序列(Interspersed repetitive sequence)(圖3) 反覆序列的另一大類是散落性反覆序列（）(retrovirus)相類似。頭尾兩端是long terminal repeats，中間則為數個開放轉錄區（open reading frame）以轉譯反轉錄移位（retrotransposition）所需的蛋白質；包括endonuclease，以切入欲結合的基因體位置，還有reverse transcriptase俾將RNA轉錄成DNA。在第一個LTR正下游則有能提供反轉錄起始點的特別部位（priming site）。與反轉錄病毒不同的是，LTR缺少合成病毒套膜及製造功能性病毒基因的基因組。有時候LTR也會缺少某些ORF以致不能自行擴增，而成為非自主性反轉錄單元。它們通常是來自古老的反轉錄單位，失去部分功能後變成不活動的假基因（pseudogene）。 非自主性反轉錄單元主要有SINE（short interspersed repetitive element）及LINE（long interspersed repetitive element）。SINE長度約90–300個鹼基，其中最重要的是Alu，LINE長度約6,000個鹼基，最著名的是L1。 Don Quixote, 1955 by Pablo Picaso L1 retroelement 人類的基因體上有近50萬個不活動的L1單元（5′truncated，inverted or mutated），但仍有5,000個全長6Kb的L1存在而其中60–100個具有retrotransposition的能力。完 整的L1，全長6,000Kb，含有（1）5′未轉譯區（5′UTR）（內含1 promoter），（2）1Kb之開放轉錄序列（ORF1），能產生具RNA結合能力的蛋白質（3）4Kb之開放轉錄序列（ORF2），能產生具endonuclease及reverse transcriptase能力的蛋白質（4）短的3′UTR（5）poly(A)tail(圖3)。L1插入染色體DNA是藉由所謂target primed reverse transcription （TPRT）的過程，其ORF2的endonuclease先切斷一處單鏈DNA，以切斷處之3′–OH作為引子，並以L1 RNA作為模板（template）進行反轉錄。