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广玉兰rDNA ITS区序列分析
广玉兰rDNA ITS区序列分析
潘云飞
(盐城师范学院生命科学与技术学院07(19)班,江苏盐城,224002)
指导老师 :刘忠权
【摘要】 目的 分析广玉兰核糖体DNA(rDNA) ITS序列及其特点和规律,为我国盐海滩涂种植业的开发及生态建设提供理论指导。方法 在TagDNA聚合酶作用下,以P1和P2为引物、广玉兰核糖体DNA为模板、四种dNTP为底物,PCR扩增技术来扩增广玉兰核糖体DNA ITS序列并用相关软件作序列分析。结果 测得广玉兰rDNA ITS 及5.8S rDNA 完全序列,18S 和28S rDNA 部分序列长度为648bp,其中ITS1为227bp,(g+c)的含量为57.3%;TS2为223bp,(g+c)的含量为61.0%。与其他藜科植物比对,广玉兰rDNA ITS序列上有135个变异位点。 结论 核糖体DNA ITS序列可作为研究较低等级如属间、种间甚至居群间的系统关系的依据。
【关键词】 广玉兰 核糖体基因组 ITS序列
引言
广玉兰(学名:magnolia grandiflora linn)。 由于开花很大,形似荷花,固又称“荷花玉兰”。广玉兰原产于美洲,所以又有人称它为“洋玉兰”。可入药,也可做道路绿化。荷花玉兰树姿雄伟壮丽,叶大绿荫浓花似荷花芳香馥郁,为美化树种,耐烟抗风对二氧化硫等有毒气体有较强抗性,净化空气保护环境广玉兰(guǎng yù lán)常绿大乔木,高20-30m。树皮淡褐色或灰色,呈薄鳞片状开裂。枝与芽有铁锈色细毛。叶长椭圆形,互生;叶柄长1.5-4cm,背面有褐色短柔毛;托叶与叶柄分离,无托叶;叶革质,叶片椭圆形或倒卵状长圆形,长10-20cm,宽4-10cm,先端钝或渐尖,基部楔形,上面深绿色,有光泽,下面淡绿色,有锈色细毛,侧脉8-9对。花芳香,白色,呈杯状,直径15-20cm,开时形如荷花;花梗精壮具茸毛;花被9-12,倒卵形,厚肉质;雄蕊多数,长约2cm,花丝扁平,紫色,花药向内,药隔伸出成短尖头;雌蕊群椭圆形,密被长绒毛,心皮卵形,长1-1.5cm,花柱呈卷曲状。聚合果圆柱状长圆形或卵形,密被褐色或灰黄色绒毛,果先端具长喙。种子椭圆形或卵形,侧扁,长约1.4cm,宽约6mm。花期5-6月,果期10月。广玉兰生长喜光,幼时稍耐阴,是弱阴性树种。喜温暖湿润气候,有一定的抗寒能力。适生于高燥、肥沃、湿润与排水良好的微酸性或中性土壤,在碱性土种植时易发生黄化,忌积水和排水不良。对烟尘及二氧化硫气体有较强的抗性,病虫害少。根系深广,抗风力强,生长速度中等。特别是播种苗树干挺拔,树势雄伟,适应性强。本品中酚性成分还具有抗菌和抗真菌作用。树皮中所含厚朴酚(magnolol)尚具有抗溃疡病作用,5-200mg/kg对大鼠水浸应激溃疡有显着的预防作用。5.8S、18S、28S 编码区以及一些间隔区组成(ITS)。ITS (internal t ranscribed spacer) 区位于18S和28S 基因之间,中部被5.8S 一分为二,即ITS1区与ITS2 区。5.8S、18S、28S进化速率慢,常用于探讨科级和科级以上等级的系统发育问题。而间隔区如ITS 区进化速率较编码区快,一般用于研究较低等级如属间、种间甚至居群间的系统关系。
1 材料与方法
1.1 植物材料
采取新鲜的广玉兰,于-80℃冷冻半天,从而有利于DNA的提取。
1.2 主要仪器与试剂
HH-S型二列四孔数显水浴锅、移液器、Eppendorf离心管、ppendorf Centrifuge高速冷冻离心机、WH-962 ROUER DRUM、恒温干燥器、GeneAmp PCR system 9700、WB微波炉、水平板电泳槽、电泳仪、紫外分析仪dNTPs)、MgCl2、Buffer缓冲液、引物(P1,P2)、琼脂糖、氯仿、试剂盒SDS溶液、C液等。
1.3 广玉兰rDNA提取与纯化
将-80℃处理的广玉兰叶茎研磨成浆,将研磨的浆置于Ependorf管中,并分别加入分离缓冲液和20%的SDS溶液;置于56℃水浴1-2小时;加入等体积的氯仿溶液,轻轻颠倒混匀15min,室温下8000r Pmin高速冷冻离心10mi;将离心后的上清液移至另一干净的离心管中,在加入等体积的氯仿,颠倒混匀15min,8000rPmin高速离心10min;弃上清液,加入70%的乙醇洗涤沉淀8000rpmin离心5min;弃上清液,放干燥处烘干(一天时间);取样本100ul,加入400 ulC液,混匀;将液体吸入内套管中,离心2min,弃去外套管中液体,内套管中加入500 ul洗液,离心1min,再重复此过程一次;取出内套,弃去外套管中液体,仍然套回内套管,不加洗液,离心1min ;将内套管取出放到新的Eppendorf管中,
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