化学标记语言及其在分子结构数据库检索中的应用.pdfVIP

化学标记语言及其在分子结构数据库检索中的应用 李琰 温浩 周家驹 (中国科学院过程工程研究所，北赢100080) 摘要本文讨论化学标记语言及其在子结构检索中的应用．化学标记语言定义 了在Web上发布化学信息的规则，被称为“分子化的HTML”，用以专门描述 化学信息．在分子结构数据库中，本文将化学标记语言作为应用程序与数据库 之间交换数据的标准，实现了基于Browser／Server模式的子结构查询功能。 芙键词化学标记语言 分子结构数据库子结构检索 对分子结构数据库而言，二维子结构检索是一项基本的，也是重要的功能。我们实 现了可用于网络环境的分子结构数据库及二维予结构检索系统。在子结构检索的数据交换 过程中，应用程序将查询结构传递给数据库，并从中获取查询结果。化学标记语言(Chemical Markup 构检索中的应用。 一、化学标记语言 CML是根据可扩展标记语言(eXtensible Markup 的，XML则是W3C(WWW 义的一种可用于创建基于Web的标记语言的元语言。XML为开发人员提供了一种结构化 DTD应严格按照XML所定义的规范书写，它描述了一系列标记和特性，并将这些标记 和特性用来描述一个文档。为满足不同领域的需要，W3C的各个开发小组发展了一系列 的DTD，如用于描述数学数据的MathML(Mathematical MarkupLanguage)、用于描述化 Definition 学分子式和数据的a沮。用于远程信息发送的CDF(ChannelFormat)等【I】。 的标记。如果现有的DTD无法满足开发人员的需要，XML允许开发人员自行创建描述 特殊信息的DTD。CML是目前XML应用颇为成功的领域。 在充分考虑分予科学和基于www的信息学的特点的基础上，CML开发小组确定 (Ⅳ儿的设计目的是尽可能地重用现有技术，建立一套简洁、强大、灵活的规范。o皿。希 望将XML的强大功能引入化学信息的管理，使之能够处理复杂的信息结构，并很容易地 与当前的关系型数据库或对象关系型数据库建立交互。 CML适用于描述化学公式和分子式，它提供了一系列标准化的规则，用于描述DTD 及其文档，并通过DTD定义可用于描述化学信息的元素。DTD定义了描述文档内容的标 记。包括元素、元素的属性、实体(譬如图形或非ASCII字符)以及所有这些部件相互 中定义的某些标记元素尚未及实现，。但它们暗示了CML将具备的功能。 ·84· CDAIA#IMPLIED’ !ENnTY％rifletitle !EUel加巳NTatomANY !^=m1STatom ％title； ％id； ％count； ％djctRef； ％convention； 在文档中包含存储在文档之外的文本文件或二进制文件[2-41。 二、CML文件的显示 目前，可用于显示CIVIL文件的方式有通用浏览器、CML专用浏览器和JavaApplet 技术数种。 (1)通用浏览器 当前版本的MS 的层次结构，但它们无法解析CML文件所包含的化学结构信息。 (2)CML专用浏览器 文档必须是有效文档。图1为苯甲酸的CML文件在JUMBO中的显示结果。 (3)Java Applet技术 利用现有的能够处理分子结构信息的Java Applct，也可正确地解析并显示CML文件。 这种方法更加灵活，能够满足实际应用的需要。本文讨论的二维子结构检索系统便采用了 此种方法。 -85· 图1