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2017-11-06 发布于湖北
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全文检索系统在国际核酸序列数据库中的应用.pdf

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全文检索系统在国际核酸序列数据库中的应用马俊才一柳芳浩刘澎涛劳一美 (中国科学院微生物研究所，北京100080) 所NIG、欧洲分子生物学实验室EMBL、美国国家生物技术信息中心NCBI三方共同建立。每天都在收集来自世界各地核酸序列数据。中国科学院微生物研究所信息网络中心以DDBJ版本的数据库为原始数据，建立了数据库的映像节点，并提供全文检索服务。本文旨在介绍一种简便有效的全文检索工具。关键词全文检索 WAIS核酸序列数据库一、设备和方法在这项工作中，我们使用的APACHEWEB服务器、数据库检索系统使用的是free． WEB服务器现在号称是世界上第一大免费共享WEB服务器软件。服务器与freeWAIS—sf之间的gateway，它是用PERLCGI程序编制，并提供各种各样的用户界面。二、WAIS DDBJ数据的每一条记录都由核酸序列信息及其它一些附属信息组成，整个DDBJ数据库由总数据量达20多个GB的几十个文本文件构成。为了以最小的硬件系统成本提 AreaInformation 提供高速检索功能。在DDBJ数据中，每条记录都是以“／／”分隔符进行分割的，并且free— 录的格式如下所示： || LOCUSATTS4682335 RNA EST 22一MAR一1995 bp A．thalianatranscribed DEFINITION OA0321；3’end． sequence；clone ACCESSIONF13557 VERSIONF13557．1 KEYWORDS cDNA expressedsequencetag；partialsequence． ·215· SOURCE thalecress． ORGANISM thaliana Arabidopsis core eudicots；Rosidae；eurosidsII；Brassicales；Brassicaceae； Arabidopsis． to REFERENCE1(bases1 335) AUTHORS Lechamy，A． Krivitzky。M．，Jean—Jacques，I．，Kreis，M．and the databases． Submitted(17．MAR．1995)toEMBL／GenBank／DDBJ JOURNAL de CNRS。GDR一1003ACS，INRA。laboratoireBiologieMoleculaire， BP 27。 31326Castanet—Tolosancedex，France．E—mail， behalf de