重叠克隆群的研究进展.pdfVIP

《生物工程进展》1999, . 19, . 3 V o l N o 研究进展 重叠克隆群的研究进展 曲雪萍　王　斌 ( 中国科学院遗传研究所植物生物技术开放实验室　北京　100 10 1) 摘要　重叠克隆群的研究近年来取得了迅速发展, 并被进一步运用到基因组测序、基因精 确定位、基因图位克隆以及基因组织结构与功能研究等方面。本文着重讨论了构建重叠克 隆群的策略、一般过程, 同时也对构建重叠克隆群过程中存在的问题、解决方法及发展前 景进行了论述。 关键词　重叠克隆群　基因组测序　图位克隆 间有部分片段是重叠的, 根据其重叠部分可以 　　1　前言 把 它们 有 序 地 呈 线 状 排 列 成 重 叠 克 隆群 近年来, 随着构建大片段基因组文库技术 (con t ig) 。在两个重叠群之间会出现空隙, 需要 的日臻完善和越来越多生物的遗传图谱饱和度 通过染色体步行来填补。该技术从分离大片段 的日渐增加, 使得构建重叠克隆群成为可能, 并 阳性克隆群的左、右末端入手, 以它们为探针再 取得了迅速的发展。构建重叠克隆群的一般过 次筛选基因组文库, 获得新的克隆即为沿着染 程为: 先构建具有一定容量的大片段基因组文 色体向前走了一步, 重复这一过程, 就能一步一 库, 然后通过比较克隆间所共有的核苷酸序列 步地将空隙填满, 将两个克隆群整合在一起。这 将这些克隆沿染色体排列成一系列的连续克隆 一方法能利用各种分子标记扫描文库, 准确得 群 ( con t iguou s ser ie s o f over lapp in g clon e s, 到携带分子标记的阳性克隆, 是构建重叠克隆 Con t ig) , 这些重叠克隆群之间往往是有间隙 群的首选策略。 的, 需通过染色体步行 的方法 ( ch rom o som e 2 2　PCR 法 w a lk in g) 将这些克隆群整合在一起。目前, 许多 近年来, 随着 PCR 技术的引入, 给重叠克 生物的重叠克隆群已经建成或正在构建中, 涉 隆群的构建带来了巨大的革新。以PCR 技术为 及到人类、小鼠、拟南芥、水稻、蕃茄等许多生 基础发展 了一系列技术, 包括 、 、 ST S RA PD 物[ 1, 2, 3, 4, 7, 8 ] 。 和 等已被广泛应用于重叠克 A FL P A lu PCR 隆群的构建。ST S 策略是利用已知核苷酸序 　　2　构建重叠克隆群的策略 列, 从两端合成两个与其配对 的引物, 利用 目前在构建重叠克隆群的策略方面, 主要 PCR 进行扩增, 理论上讲具有相同扩增带型的 有以下三种: 克隆, 也可以说共享一个或数个 ST S 位标的克 2 1　经典的菌落杂交法 隆肯定是重叠的。这个方法具有简便、快速、精 这一策略的原理是: 利用基因组某一区域 确度高等优点, 是人类基因组计划所采用的主 特有