生长素作用方式的分子动力学模拟研究moleculardynamics.pdfVIP

2010 年第 68 卷 化 学 学 报 Vol. 68, 2010 第 24 期, 2500～2508 ACTA CHIMICA SINICA No. 24, 2500～2508 ·研究论文· 生长素作用方式的分子动力学模拟研究 贾雪冰 张 鋆 孙宏伟* 陈 兰 沈荣欣 赖城明 (南开大学化学学院 天津 300071) 摘要 针对植物生长素、受体 TIR1、辅酶 InsP6 和 IAA7 底物多肽链进行 5 组 14 个体系的分子动力学模拟研究, 比较 分析了 4 个生长素分子 IAA, 1-NAA, 2,4-D 和 2-NAA 与受体 TIR1 之间的相互作用方式以及辅酶 InsP6 和 IAA7 底物多 肽链在早期生长素反应中所起的作用. 计算结果表明, 生长素与 TIR1 的结合能力与生长素活性顺序一致, 生长素的分 子结构对于反应活性具有重要影响; 中心水分子与生长素之间的氢键作用使得生长素的位置取向有利于与 TIR1 形成 强相互作用; 辅酶 InsP6 与 TIR1 形成多个氢键使活性口袋结构稳定, 保证生长素有效地与活性位点结合; 在结合生长素 后, IAA7 运动加剧, 使得生长素犹如激活 IAA7 多肽活性的“引发器”, 进而引发进一步的生长素反应. 关键词 生长素反应; 受体 TIR1; IAA7 底物多肽; 分子动力学模拟 Molecular Dynamics Simulation Study on the Interaction Mode of Auxin Perception Jia, Xuebing Zhang, Jun Sun, Hongwei* Chen, Lan Shen, Rongxin Lai, Chengming (Department of Chemistry, Nankai University, Tianjin 300071) Abstract The molecular dynamics simulation studies on the 14 auxin perception systems that comprise auxins, receptor TIR1, cofactor InsP6 and IAA7 substrate peptide are carried out to investigate the interac- tion mode between receptor TIR1 and the four auxins of IAA, 1-NAA, 2,4-D and 2-NAA, respectively. The importance of cofactor InsP6 and IAA7 substrate peptide in early auxin perception was also discussed. MD simulations show that the binding intensity between auxins and TIR1 is consistent with auxin activity; t