第二章 基因组学-2.pptxVIP

;基因组（genome) ;;基因组学（genomics）;5; 人类基因组计划的研究目标;2000年6月26日值得载入人类自然科学史册的一个日子;8;9;人类基因组草图基本信息;HGP的技术成果:;;人类基因组计划—作图;; 定义：采用遗传学分析方法将基因或其他DNA顺序标定在染色体上构建连锁图。 遗传图谱(genetic map)又称连锁图谱(linkage map)或遗传连锁图谱(genetic linkage map)：指基因组内基因和专一的多态性DNA标记(marker)相对位置的图谱。; 遗传图距的单位：厘摩（cM）。早期绘制的经典遗传图谱的单位是重组率，1%的重组率为1个遗传单位。现代遗传图谱的单位为厘摩(centi Morgan，cM)，1cM相当于1%的重组率，约为1,000,000个碱基对(base pairs，bp) 交换率或交换值或重组频率= 减数分裂的重组产物\减数分裂的总产物 ; 构建遗传图谱的基本原理 真核生物遗传过程中会发生减数分裂，此过程中染色体要进行重组和交换，这种重组和交换的概率会随着染色体上任意两点间相对距离的远近而发生相应的变化。 根据概率大小，人们就可以推断出同一条染色体上两点间的相对距离和位置关系。 我们得到的这张图谱也就只能显示标记之间的相对距离。我们称这一距离(概率)为遗传距离(cM)，由此构建的图谱也称为遗传图谱。;遗传作图的DNA（分子）标记;为什么要进行物理作图？ 遗传学图谱分辨率有限 遗传学图的分辨率依赖于得到的交换的数目。对于人类与大多数真核生物来说，巨大数量的后代不易获得。 遗传学图谱精确度有限 ; 定义：以一段已知核苷酸序列的DNA片段（限制性酶切位点、序列标签位点等）为标记,以Mb或Kb作为图距绘制的基因组图。 物理图谱的基本原理是将每一条染色体敲碎、分段克隆，利用重叠的方法将这些克隆头尾重叠相连，就可以获得横跨和覆盖整条染色体的克隆群。;物理作图的基本原理;;定义：将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置。 局限性：只能应用于相对较小的DNA分子。对于DNA分子长度50Kb的片段，一般没有什么困难。而对于50Kb的DNA分子，可选用稀有切点内切酶酶切DNA。 ; 一个1000bp的DNA分子,用酶A、酶B、酶C切割，得到 如下片段（厦门大学考研试题） 酶A切割: 1000bp 酶B切割: 100bp、 300bp、600bp 酶C 切割: 200bp、 800bp 酶A＋B切割: 50bp、 100bp、300bp、550bp 酶B＋C切割: 75bp、 100bp、125bp、225bp、475bp 酶A ＋C切割: 200bp、 375bp、425bp 确定此三种限制性内切酶在此DNA分子上的位置; ;STS图谱构建的步骤;关于文库; 构建图谱的载体; YAC载体: 即酵母人工染色体，具有酵母染色体的特性，以酵母细胞为宿主，能在酵母细胞中复制。以YAC为载体，可以乘载2 Mb的大片段DNA，是物理作图中最早利用的大片段DNA载体。 优点: 容量大, 插入片段可达1400 kb. 缺点: 转化效率低； 插入子稳定性差； 嵌合克隆比例高, 达48%； 插入DNA的制备相当困难。 ;酵母人工染色体(YAC);BAC载体 ;细菌人工染色体（BAC）;BAC克隆的筛选;黏粒(cosmid)又称柯斯质粒 是Collins J 和Hohn B 等于1978年为克隆真核DNA 大区段构建的带有粘性末端的cos位点质粒。即含有粘性位点的质粒重组体。cosmid来源于噬菌体和质粒DNA的整合，所能克隆的最大外源片段的DNA为45.9Kb。;人类基因组计划—作图; 以某一染色体上所含的全部碱基顺序绘制的图谱。既包括转录序列，也包括非转录序列，是转录序列、调节序列和功能未知序列的综合。; 把mRNA先分离、定位，再转录成cDNA，这就构成一张人类基因的转录图，cDNA片段又称表达序列标签(expressed sequence tag，EST)，因此转录图也称为表达序列图。人类基因组中仅1％～5％的DNA是编码序列（基因）；成人各种组织中又只有约10％的基因表达为蛋白质。;; 测序策略 全基因组散弹法 克隆重叠群法 ;大规模基因组测序的两种策略;大分子DNA被随机地“敲碎”成许多小片段，收集这些随机小片段并将它们全部连接到合适的测序载体（如M13噬菌体）；小片段测序完成后，根据重叠区计算机将小片段整合出大分子DN