协同系统发生的研究方法-生物信息学.PDFVIP

第 １２卷 第 １期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１２ Ｎｏ．１ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０ １４ 年 ３ 月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｍａｒ．，２０１４ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１４．０１．０６ 协同系统发生的研究方法 王　 智 （陕西学前师范学院生物科学与技术系，陕西 西安 ７１０１００） 摘　 要：协同系统发生研究生态上相关群体的系统发生间的关系，其研究方法主要分为两类：基于事件法和整体拟合法。 基 于事件法包括布鲁克斯简约分析、组分分析、协调树分析等，此类方法考虑进化情境，逻辑性强，但分析结果过多，较难选择； 整体拟合法考虑了系统发生的误差，提供较好的关系一致性，但缺乏联系进化情境。 本文详细比较了两类方法下各种分析软 件的优劣，提出了整合两类方法的可能性，以便更好地理解协同系统发生。 关键词：协同系统发生；基于事件法；整体拟合法；布鲁克斯简约分析 － － － － 中图分类号：Ｑ７　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１４） ０１ ０３３ ０５ Ａｎ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｃｏｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｍｅｔｈｏｄｓ ＷＡＮＧＺｈｉ （Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ ｌｉｆｅ ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＳｈａａｎｘｉＸｕｅｑｉａｎＮｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｘｉ’ａｎ Ｓｈａａｎｘｉ７１０１００，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｃｏｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｉｓ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｔｈｅ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ｐｈｙｌｏｇｅｎｉｅｓ ｏｆ ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ ｒｅｌａｔｅｄ ｇｒｏｕｐｓ．Ｔｈｅｓｅ ｍｅｔｈｏｄｓ ａｒｅｄｉｖｉｄｅｄｉｎｔｏｔｗｏｋｉｎｄｓ：Ｅｖｅｎｔ⁃Ｂａｓｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓａｎｄ Ｇｌｏｂａｌ⁃Ｆｉｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ．Ｔｈｅｆｏｒｍｅｒ ｉｎｃｌｕｄｅｓＢｒｏｏｋｓＰａｒ⁃ ｓｉｍｏｎｙ Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ，Ｒｅｃｏｎｃｉｌｅｄ Ｔｒｅｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ，ｅｔｃ，ｗｈｉｃｈ ｔｈｉｎｋｓ ｏｆ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｓｃｅｎａｒｉｏ ａｎｄ ｉｓ ｍｕｃｈ ｌｏｇｉ⁃ ｃａｌ，ｂｕｔ ｗｅ ｍａｋｅ ｃｈｏｉｃｅ ｄｉｆｆｉｃｕｌｔｌｙ ｂｅｃａｕｓｅ ｏｆ ｍｏｒｅ ａｎａｌｙｔｉｃ ｒｅｓｕｌｔ．Ｔｈｅ ｌａｔｔｅｒ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ｃｏｎｇｒｕｅｎｃｅ ｉｎ ａ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ ａｓｗｅｌｌ ａｓ ｔａｋｉｎｇ ｉｎｔｏ ａｃｃｏｕｎｔ ｐｈｙｌｏｇｅｎｉｃ ｅｒｒｏｒ，ｂｕｔ ｉｔ ｌａｃｋｓ ｏｆ ｌｉｎｋｉｎｇ ｗｉｔｈ ｒｅｌｅｖａｎｔ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｓｃｅｎａｒｉｏ．Ｔｈｅ ｐａｐｅｒ ｃｏｍｐａｒｅｓ ｄｅｔａｉｌｅｄｌｙ ｋｉｎｄｓｏｆ ａｎａｌｙｔｉｃａｌ ｓｏｆｔｓａｎｄ ｓｈｏｗｓａｄｖａｎｔａｇｅａｎｄｔｈｅｄｉｓａｄｖａｎｔａｇｅｉｎｔｈｅｍｅｔｈｏｄｓａｎｄｐｕｔｓｆｏｒ⁃ ｗａｒｄ ｔｈｅ ｐｏｓｓｉｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ ｔｈｅｍ ｔｏ ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄ ｂｅｔｔｅｒ ｃｏｐｈｙｌｏｇｅｎｙ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｃｏｐｈｙｌｏｇｅｎｙ；Ｅｖｅｎｔ⁃ｂａｓｅｄ ｍｅｔｈｏｄｓ；Ｇｌｏｂａｌ⁃ｆｉｔ ｍｅｔｈｏｄｓ；Ｂｒｏｏｋｓ ｐａｒｓｉｍｏｎｙ ａｎａｌｙｓｉｓ 支的进化过程（当一个物种分支为两个或多个物种 １　 协同系统发生的概念 时）或者说一个生物体实体的成种导致与此相关的