白姜转录组中的SSR位点信息分析-中国作物学会.PDF

总第172期 171 作物杂志 Crops 2016（3）：171-174 DOI：10.16035/j.issn.1001-7283.2016.03.032 白姜转录组中的SSR位点信息分析 邹 勇 1,2 黄 科 1,2 姜玉松 1,2 刘奕清 1,2 1 2 （ 重庆文理学院特色植物研究院，402160，重庆； 重庆市特色植物种苗工程技术研究中心，402160，重庆） 摘 要 利用 Trinity 软件对白姜转录组进行 de novo 组装，CAP3 软件对组装的 contig 拼接删选；MISA 工 具对 unigene 进行 SSR 检索。从 153 724 条 unigene 中共发现 16 593 个 SSR，分布在 14 436 条 unigene 序列 中，出现频率为 9.39%，平均每 9.26kb 含有 1 个 SSR 位点。其中二核苷酸、三核苷酸所占比例最大，分别为 37.59% 和 45.24%；二者分别以 AG/CT 和 AGG/CCT 重复基元为主，占 22.47% 和 11.79%。基序长度主要分布 于 12~20bp，占总数的 85.06%。研究结果表明，白姜 SSR 位点频率、密度较高，类型多样，在生姜分子标记辅 助育种、遗传多样性研究中有较大应用潜能。 关键词 生姜；转录组；SSR；位点信息 生姜（Zingiber officinale Roscoe）已有上千年 助育种、遗传多样性研究的数据基础。 的药食两用历史，与人类的生活健康紧密相关。 1 材料与方法 生姜主要分布于亚洲、非洲及南美洲部分地区， 中国是其发源地之一，栽培面积和总产量居世界 1.1 材料 首位。生姜地域分布广泛，生存地理气候环境多样， 试验于 2015 年 6 月-12 月在重庆文理学院特 经过长期自然进化和人工驯化，其种质资源多样 色植物研究院进行。在 NCBI（http://www.ncbi.nlm. 性及地域特征非常明显。由于生姜价格波动和病 /）公布采用 Illumina HiSeq 2000 测序获得的 害的影响，在栽培过程中，人们选择栽培品种时 白姜根、茎、根茎节、老叶、嫩叶转录组数据（http:// 有盲目性与随意性，严重影响了生姜种质资源的 /bioproject/PRJNA223424）共 保护与开发。因此，掌握生姜品种分布规律，采 25 个，sra 文件共计 26.1G。 集和整理遗传多样性信息，发现和使用有价值的 1.2 方法 基因具有十分重要的意义。 白姜转录组原始数据经过测序数据质量评估 在各种分子标记的检索方法中，SSR 分子标 软件 FastQC（http://www.bioinformatics.babraham.ac. 记的重复率和可信度明显高于采用随机引物 PCR uk/projects/fastqc/） 评 估 合 格 后， 采 用 cutadapt 标 记 的 RAPD 技 术， 比 AFLP 的 操 作 方 法 简 单、 （/pypi/cutadapt） 去 除 接 头 序 成本低，物种特异性显著高于 ISSR，多态性和高 列，利用 Trinity 软件（http://trinityrnaseq.github.io/） 效性高于 SRAP，目前已成为应用最为广泛的遗传 对转录组数据进行 de novo 从头拼接和组装，使用 标记之一 [1] 。