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ChemSketch 的使用2008

画简单的结构 Polymers ChemSketch提供了聚合物结构的绘制功能: 在结构工具栏上点击Polymers 键,出现聚合物面板后就可以进行如下设置的更改了: 通过点击或拖拽来选定产生聚合物的区域。当区域被选择, 聚合物出现在工作区: 应用举例2 应用举例3 关于3D优化 对于一般应用,3D优化获得的结果是可靠的。 3D优化采用了简化模型计算分子的空间结构。因此,对于复杂的结构得到的结果是否可用,应由使用者加以判断。 3D优化并不能保证得到所有的构型。 反应式 反应箭头 反应条件 使用模板 自定义模板 其他功能 显示/隐藏氢原子 显示/隐藏芳环 自动命名 性质预测 自动为原子编号 Draw模式 3D Viewer 在ChemSketch中建立分子结构 3D optimization Copy to 3D viewer Choose Style 扩展功能 定制 改变颜色 改变原子大小 拷贝/输出图形 测量/编辑空间结构 原子间距 键角 扭转角 本章作业 从无机化学或试验课本上选择5个无机反应式 从有机化学或试验课本上选择5个有机结构或反应式 画一套试验装置图 从网站的例子中任意选择3个 将结果Copy到word文件中,注意以对象的形式拷贝。 Figure 24.12 Schematic representation of oxymyoglobin or Oxyhemoglobin(氧基血红素). The iron is bound to four nitrogen atoms of the porphyrin(吡咯紫质), to a nitrogen from the surrounding protein, and to an O2 molecule. Figure 24.13 Structure of chlorophyll a. All chlorophyll molecules are essentially alike; they differ only in details of the side chains. 编辑原子标签 编辑原子标签 注意: 如果在选中 Change Position 键后, 用手指按住Shift, 同时点击结构中的原子标签将达到与3.同样的效果. 利用已激活的编辑原子标签工具(Edit Atom Label),点击已得到的缩写,将编辑标签对话框再次打开,点击“展开”(Expand)键,得到以上右边的结构。 使用画链工具 使用画链工具 翻转结构 旋转和翻转整个结构可以通过点击一个键实现. 请按照以下步骤在咖啡因结构上进行练习: 翻转结构 翻转结构 ? 选择、旋转和3D旋转 ?输出 输出 注意: ACD/ChemSketch 11.0 版可以以下格式输出: ISIS/ Sketch (*.skc), REACCS Rxnfiles (*.rxn), CS ChemDraw CHM-file (*.chm), CML file (*.cml) - New!, Adobe Acrobat (*.pdf) - New!, Windows Metafiles (*.wmf), Windows Bitmap (*.bmp, *dib), Paintbrush (*.pcx), TIFF Bitmaps (*.tif), GIF Bitmaps (*.gif), MDL MOL-File (*.mol). 将结构式插入文件中 清理屏幕 画更复杂的结构 在这一章中,主要讲解以下内容: ·???? 用化学基团表画化学基团; ·???? 迅速地画环结构; ·???? 删除和替换原子; ·???? 画双键和三键; ·???? 画原子的电荷,阳离子和阴离子; ·???? 改变不同原子的性能. ? 使用基团表 化学基团表(Table of Radicals) 中包括预先画好的氨基酸及其保护基的结构,还有核甘酸及其他常用结构。 1??? 按上页给出的方法清除屏幕。 在参考工具栏(References Toolbar)中点击基团表(Table of Radicals),显示如下基团: 使用基团表 使用基团表 使用环结构 删除原子和化学基团 原子标签的编辑 基本用法 改变位置 扩展Expand 本节练习 课堂答疑 如何画AcO- 如何隐藏/显示碳原子 如何把题目Copy到ChemSketch中 画环结构 加上羧基 COOH 删除和替换原子 在连续模式下不能替换原子 删除 替换 本节练习 改变原子和结构的性质 双击 Tools\Structure Properties 2.5 2D和3D优化 2D优化 Tools\Clean Structure F9

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