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最近要学KEGG，先粘2个有用的内容存档。 /?wz457.html 以下是我归纳出的使用KEGG 方法敲门，供给大家参 考使用 KEGG 数据库一个主要用途就是查询分析pathway，然而直接通过网页打开的是一个图片形 式的数据。如下介绍如何利用下载的数据，以及使用软件VisANT （首先需要安装java 虚拟 机，太大了请自己去网上下载）来分析KEGG 数据。 以人类MAPK 通路（编号hsa04010）为例： 一、如何确定一组基因（蛋白）是否在MAPK 通路中？ 通过ftp 下载人类hsa04010相关的所有数据。找到hsa04010.gene 这个文件，其中包含的 就是geneid，gene name，gene 的描述，通过这个表就能确定哪个基因是在这个通路中了。 二、如何确定一组基因（蛋白）互作是否在MAPK 通路中？ １、首先通过 http://www.genome.jp/kegg/xml/ KEGG regulatory pathways linked to KO ， http://www.genome.jp/kegg/KGML/KGML_v0.6.1/ko/ko04010.xml 下载MAPK 通路的xml 格式的数据，并保存为xml 文件，hsa04010.xml ２、使用VisANT 软件（/）进行分析，步骤如下： （1）打开后，点击左边按钮Clear，清除以前的文件 （2）点File—open：打开hsa04010.xml 文件，这时出现MAPK 调控网络。 （3）点File—Export as Tab-Delimited File—All:之后将在网页上出现如下格式的数据： K04463 K04464 1 M9999 0.0 K02308 K04426 1 M9999 0.0 K04371 K04376 1 M9999 0.0 K04375 K04379 1 M9999 0.0 将此数据copy 下来，命名为KO2KOppi 这里的K0……编号意思是：KO(KEGG Orthology) ID （4 ）打开表：hsa04010.orth,将其中的分号；全部替换为 Tab 符号，将全部的逗号替换为 Tab 符号，之后用xls 打开。除去所有没有KO 编号对应的行，我们得到了KO 编号对gene name 的表，命名为KO2GENE。 （5）通过表KO2KOppi 与表KO2GENE 对应后，可以得到gene2gene 的互作数据。 （6）使用这个gene2gene 互作的这个表可以确定要研究的互作数据是不是在MAPK 通路中。 /blogger/post_show.asp?BlogID=797738PostID KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息 数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。基因组信息存储在 GENES 数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；更高级的功能信息存储在PATHWAY 数 据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守 的子通路等信息；KEGG 的另一个数据库是LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等 信息。可以免费获取。KEGG 提供的整合代谢途径(pathway)查询十分出色，包括碳水化合物、 核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解，不仅提供了所有可能的代谢途径，而且对催化 各步反应的酶进行了全面的注解，包含有氨基酸序列、PDB 库的链接等等。KEGG 是进行生物 体内代谢分析、代谢网络研究的强有力工具。 KEGG 简介 KEGG 简介一、KECC 概况（全基因组及代谢途径数据库） 虽然决定生物体基因分类的基因组测序工程有了飞速的发展，但对单个基因功能的研究 仍然相差甚远。同时活细胞的生物学功能是许多分子相互作用的结果，不能仅仅归功于单个 基因或单个分子。日本教育、科学、体育、文化部人类基因组计划于1995年5月建立了KEGG 工程。KEGG 将基因组信息和高一级的功能信息有机地结合起来，通过对细胞内已知生物学 过程的计算机化处理和将现有的基因功能解释标准化，对基因的功能进行系统化的分析。 KEGG 的另一个任务是一个将基因组中的一系列基因用一个细胞内的分子相互作用的网络连 接起来的过程，如一个通路或是一个复合物，通过它们来展现更高一级的生物学功能。 其目的是由细胞或生物体的基因组信息去了解其