二面角动力学分析结合Zn^2＋的淀粉样蛋白Aβ40和Aβ42的多态性特征.pdfVIP

物理化学学~E(WuliHuaxueXuebao1 2630 ActaP ．一Chim．Sin．2013，29(12)，2630—2638 December [Article] doi：10．3866／PKU．WHXB201310302 www．whxb．pku．edu．cn 二面角动力学分析结合Zn2的淀粉样蛋白Al340和 AI342的多态性特征 单升升’ 闫 超 徐 亮 (。大连理工大学化学学院，辽宁大连 116023； 大连理工大学化X-学院，辽宁大连 116023) 摘要：淀粉样蛋白p(Ap)~l：l金属离子 阿尔茨海默病的发病机理密切相关，金属离了与Ap的相互作用如何导 致Ap动力学行为的变化是从分了水平上珲解金属离了调控Ap聚集牛成具有细胞毒性的寡聚体的关键问题之 ‘ ． 利用二面角动力学分析策略，即结合粗粒度模型分析结合Zn 的A640(Ap40．Zn)和Ap42(Ap42．Zn)单 个二面角的势能分布，利用二面角主成分分析刻画Ap40一Zn和Ap42．Zn的二维势能面，以及应用马尔科夫模 型建立Ap40一Zn和Ap42．Zn构象转变的动态网络．结果表明：Ap40一Zn和Ap42．Zn单个二面角的势能分布 具有很大n勺相似程度，其LfJ由Val24_Gly2~-Se~6-Asn构成的二面角差异最人：Ap40一Zn和Ap42．Zn 的势能而 均很 t坦，反映了结合Zn 的Ap构象转变需要克服的能垒较低，不同构象处于动态 衡，呈现多态性的特征： 马尔科夫模型进 一步揭示了Ap40一Zn”和Ap42．Zn构象转变的动态特征， 一定市fI似程度的构象聚类而成的 微观状态均处于折叠网络的中转节点，从动力学上反映了结合Zn 的Ap构象转变容易发生 特别的，与实验结 果 致，发现P折叠结构在含Zn的A6构象中作用微小． 关键词：淀粉样蛋白B：金属离子； 多态什；分了动力学模拟： 马尔科夫模型 中图分类号：O641 DihedralDynam icsAnalysesofthePolymorphicProperties ofZn2~．BoundAmyloid1340(Ap40)and1342(Ap42) SHANSheng—Sheng’ YANChao XULiang’， (School Chemistry,DalianUniversityofTechnology,Dalian116023LiaoningProvince， R．China； SchoolofChemicalEngineering,DalianUniversiytofTechnoloyg,Dalian116023，LiaoningProvince，尸RChina) Abstract： Amyloidp (AI3)peptidesandmetalionshavebeensuggestedtobeassociatedwiththe pathogenesisofAIzheimersdisease．UnderstandinqtheinteractionsbetweenA8andmetaIionsatthe molecularIeveIisakeystepininvestigatingtheroleofmetaIionsintheaggregationofA31toform neurotoxicoligomers．1nthispaper．dihedr