MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络图谱构建.pdfVIP

浙江农业学报ActaAgriculturaeZhejiangensis，2013，25(6)：1220—1224 http：／／www．zjnyxb．en 路伏增，褚晓红，戴丽荷，等．MUC13基因参与的仔猪腹泻 控网络图谱构建 [J]．浙江农业学报，2013，25(6)：1220— 1224． DOI：10．3969／j．issn．1004—1524．2013．06．09 MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络图谱构建 路伏增 ，褚晓红 ，戴丽荷 ，陈绍孟 ，傅春泉 ，胡锦平 ，徐如海 (‘浙江省农业科学院 畜牧兽医研究所，浙江 杭州 310021；金华职 技术学院，浙江 金华 321000) 摘 要：为进一步阐述仔猪腹泻发生的分子机制，应用生物信息学方法构建了MUC13基因参与的仔猪腹泻 调控网络 冈谱 ，并对其中的基凶进行基 冈功能聚类分析。首先，选择物种为猪，通过 STRING数据库分析发 现与MUC13相关联的有 l0种蛋 白(MUCA，MUC20，LRCH3，FLJ33471，ACK，ZDHHC19，CTPCT，APOD．Msp． CD71)；其次，根据筛选到的蛋白，构建了仔猪腹泻调控网络，并从中找到了MUC13基因参与的仔猪腹泻调控 网络，该网络包括MUCI3，MUC4，MUC1，MUC2，MUC3， 乃 ，NOD1，TNFSFIO，FGFR1，CDH2等 10个基 ；最 后，采川DAVID数据库对图谱中的这 10个基因进行基 功能注释分析，发现富集相关程度较高的一些基因 聚类条 目有上皮生长凶子 (EGF)序列、SEA模块、跨膜结构域 、胞质尾区等，因此推测MUC13基因结构的特 异性决定了其在仔猪腹泻发展过程中具有特定的功能。文章建立的MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络 具有一定的真实性 ，可以用来描述仔猪腹泻症发生发展过程中分子的相互作用。 关键词：MUC13；仔猪腹泻；调控网络 中图分类号：S858．28 文献标志码 ：A 文章编号：1004—1524(2013)06—1220-05 ConstructionofpigletdiarrhearegulationnetworkinvolvedwithM UC13gene LU Fu—zeng’ CHU Xiao—hong ，DAILi—he’ ， ， CHEN Shao—meng ，FU Chun—quan ，HU Jin—ping ，XYU Ru—hai1 (I‘nstitute AnimalHusbandrySciencesandVeterinaryMedicine，ZhejiangAcademyofAgriculturalSciences，Hang— zhou31002i，ChinazjinhaavocationatandTechnicatCollege，Jinghua310000．China、 Abstract：ThisstudydevelopedaregulationnetworkofpigletsdiarrheainwhichMUCI3geneparticipatedandmade anassayofgenefunctionalannotation clustering．Firstly，10 MUC13一associated proteinsweregeneratedthrough Sf1RING9．0(MUC4，MUC20，LRCH3，FLJ33471，ACK，ZDHHC19，CTPCT，APOD，Msp，CD71)．Secondly， usingthe10MUC13一associatedproteins，wedevelopedaregulationnetworkofpigletsdiarrheainwhichMUCI3gene participated，whichincludedMUC13，MUC4，MUC1，MUC2，MUC3，TFF3，NOD1，TNFSFIO，FGb~I CDH2 genes．Finally，withDAVID bioinfonna