基于ESTs序列的杨树木质部形成相关EST-SSRs标记的开发与应用.pdfVIP

分子植物育种，2010年，第 8卷，第 5期，第 963—970页 MolecularPlantBreeding，2010，Vo1．8，No．5，963—970 研究报告 A Letter 基于ESTs序列的杨树木质部形成相关 EST—SSRs标记的开发与应用 宋跃朋 1江锡兵 张曼 z 李博 王泽亮 薄文浩 安新民 张志毅 1北京林业大学林木育种国家工程实验室，林木花卉遗传育种教育部重点实验室，国家林业局树木花卉育种与生物工程重点开放实验室，北京 100083；2西北农林科技大学园艺学院，杨凌，712100 通讯作者，zhangzy@bjf~．edu．cn 摘 要 ESTs数据库的发展为分子标记的开发提供了宝贵的资源。本研究从NCBI下载与杨树木质部形成 相关的5359条 ESTs序列，在其 中257条序列中检测到 279个 SSRs位点，检 出率为 5．2％。全部 SSRs共分 为84种重复单元，平均长度 18．2bp，变幅为 15～36bp，平均分布频率 1／6．94kb。所有类型中三核苷酸重复单 元占总SsRs的41．3％，处于主导地位。AAG占三核苷酸重复单元的比例为27．0％，是三核苷酸重复单元中 的优势重复类型。利用primer3在线设计引物，通过生物信息学方法筛选出7对引物，其中6对扩增效果较 好 。利用筛选出的引物对 19个杨树无性系进行扩增，每对引物产生多态性条带数 目为 3-6条，平均 4．16条。 引物多态信息量变化范围为0．2267-0．9845，平均 0．5485。应用NTSYS软件在相似系数为 O．68水平可将 l9个杨树无性系准确聚类 。研究结果表 明，利用 ESTs序列进行 SSRs的开发是一种切实有效的方法，为 EST—SSRs在杨树遗传图谱构建以及遗传多样性等方面的应用奠定了基础 关键词 杨树，木质部形成，EST—SSRs，聚类分析 DevelopmentofEST·d·erivedSSRsRelatedwithXyligenesisandTheirAp-· plicationinPoplar SongYuepeng JiangXibing ZhangM an LiBo WangZeliang BoW enhao AnXinmin Zhang Zhiyi1 1NationalEngineeringLaboratoryforTreeBreeding，KeyLaboratory ofGeneticsandBreedinginForestTreesandOmamentalPlants，MinistryofEdu— cation,BeijingForestryUniversity，TreenadOrnamentalPlantBreedingandBiotechnologyLaboratoryofStateForestryAdministration,Beijing，100083； 2CollageofHorticulture，NorthwestAgnculturena dForestyUniversity,Yangling，712100 Correspondingauthor，zhnagzy@bjfu．edu．cn DOI：10．3969／mpb．008．000963 Abstract Expressedsequencetags (ESTs)dataprovidevaluableresourcesfordevelopmentofmolecularmark- ers．Inpresentstudy，wedownloadedatotalof5359poplarunigenesequencesrelatedwithxyligenesisfrom NCBI，andidentified279SSRsin257sequences，accountingofr5．2％ ofthewholeESTsequences．Amongthem， 84SSRmotifswerefounded．ThelengthofSSRswerechangedfrom 15bpto36bp，withtheaveragelengthof 18．2bpandtheaveragedistanceof1／6．94kb．ThetrinucleotiderepeatsappearedtobethemostabundantSSRs (41-3％)．TherichrepeatsAAGwerepredominant，accountingofr27．0％ intri—nucleotiderepeats．Byusing primer