一种用于多重生物序列比对的协同进化算法.pdfVIP

第27卷第8期 计算机应用与软件 Vol_27No．8 2010年8月 ComputerApplicationsandSoftware Aug．2010 一 种用于多重生物序列比对的协 同进化算法 张 树 波 (中山大学数学与计算科学学院 广东广州 510275) (广东省信息安全重点实验室 广东广州 510275) 摘 要 序列比对是生物序列分析的一项基础性工作，多重生物序列比对可以帮助预测未知序列的结构和功能。在传统遗传算 法的基础上，提出了一种用于多重生物序列比对的协同进化算法，通过引进协同进化机制，使得保守区域和位点以较高的概率传给 子代，而非保守区域和位点以较低的概率传给子代。在 BAliBASE3．0数据库上，该方法获得比常用的比对算法ClustralX更高的适 应度，比传统的遗传算法具有更好的收