一个应用于MHCⅡ类分子亲和肽预测的集成分类器.PDFVIP

第２８卷第８期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ２８Ｎｏ．８ ２０１１年８月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ａｕｇ．２０１１ 一个应用于ＭＨＣ 类分子亲和肽预测的集成分类器 Ⅱ 陈益青　张连明 （复旦大学计算机科学与技术学院　上海２００４３３） 摘　要　　分类是数据挖掘和机器学习领域的经典问题，由此产生的分类器目前在许多领域中有着广泛的具体应用。生物信息学 作为近几年迅速兴起的交叉学科，自然成为分类器的重点应用方向之一。针对免疫生物信息学中的ＭＨＣ 类分子亲和肽预测这一 Ⅱ 重要课题，现阶段已有不少成熟的分类器，但是各分类器表现互有优劣。因而，设计实现一个可以集中各个分类器优势的集成分类 器，使其面对尽可能全面的数据集都有稳定表现，就显得十分重要。采用集成学习的方法设计实现一个可以用于预测ＭＨＣ 类分 Ⅱ 子绑定情况的分类器，该系统可以将任意数目的预测分类器进行集成，从而达到更好的分类效果。同时，这一分类器集成学习算法 可以推广应用到生物信息相关的更广泛领域。 关键词　　ＭＨＣ 类分子绑定预测　分类器　等位基因　生物信息学　集成学习 Ⅱ 中国分类号　ＴＰ１８１　　　　文献标识码　Ａ ＡＣＬＡＳＳＩＦＩＥＲＡＰＰＬＩＥＤＴＯＭＨＣＣＬＡＳＳ ＭＯＬＥＣＵＬＥＰＥＰＴＩＤＥＳＰＲＥＤＩＣＴＯＲ Ⅱ ＣｈｅｎＹｉｑｉｎｇ　ＺｈａｎｇＬｉａｎｍｉｎｇ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ，ＦｕｄａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２００４３３，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｉｓａｃｌａｓｓｉｃａｌｉｓｓｕｅｉｎｔｈｅｄａｔａｍｉｎｉｎｇａｎｄｍａｃｈｉｎｅｌｅａｒｎｉｎｇｆｉｅｌｄ．Ｉｔｐｒｏｄｕｃｅｓｃｌａｓｓｉｆｉｅｒｓｔｈａｔａｒｅｗｉｄｅｌｙａｎｄｃｏｎ ｃｒｅｔｅｌｙａｐｐｌｉｅｄｔｏａｌｏｔｏｆｆｉｅｌｄｓ．Ａｓａｎｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐｌｉｎａｒｙｓｕｂｊｅｃｔｐｒｏｓｐｅｒｅｄｉｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｉｓｓｕｒｅｔｏｂｅｃｏｍｅｏｎｅｏｆｔｈｅｋｅｙａｐ ｐｌｉｃａｔｉｏｎｔｒｅｎｄｓｏｆｃｌａｓｓｉｆｉｅｒｓ．ＦｏｒｓｕｃｈａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｉｓｓｕｅａｓＭＨＣｃｌａｓｓ ｍｏｌｅｃｕｌｅｐｅｐｔｉｄｅｓｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｉｎｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，ｔｈｅｒｅ Ⅱ ａｒｅｑｕｉｔｅａｌｏｔｏｆｍａｔｕｒｅｃｌａｓｓｉｆｉｅｒｓ，ｅａｃｈｂｅａｒｉｎｇｉｔｓｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｓｔｒｅｎｇｔｈｓａｎｄｗｅａｋｎｅｓｓｅｓ．Ｔｈｅｒｅｆｏｒｅ，ｉｔｓｅｅｍｓｅｓｓｅｎｔｉａｌｔｏｄｅｓｉｇｎａｎｄｒｅａｌｉｚｅ ａｃｌａｓｓｉｆｉｅｒｔｈａｔｅｎｓｅｍｂｌｅｓｓｔｒｅｎｇｔｈｓｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｃｌａｓｓｉｆｉｅｒｓｗｉｔｈｓｔａｂｌｅｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅｓｔｏｃｏｐｅｗｉｔｈｄａｔａｓｅｔｓｔｈａｔａｒｅａｓａｌｌｒｏｕｎｄｅｄａｓｐｏｓｓｉｂｌｅ． ＢｙｅｎｓｅｍｂｌｅｌｅａｒｎｉｎｇｍｅｔｈｏｄｔｈｅａｒｔｉｃｌｅｄｅｓｉｇｎｓａｎｄｒｅａｌｉｚｅｓａｃｌａｓｓｉｆｉｅｒｔｈａｔｃａｎｂｅａｐｐｌｉｅｄｔｏｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇＭＨＣｃｌａｓｓ ｍｏｌｅｃｕｌｅｂｉｎｄｉｎｇｃｏｎ