五分钟寻找组织特异性表达的基因--genevestigator使用案例.pdf

五分钟寻找组织特异性表达的基因--Genevestigator 使用案例 当提到寻找组织特异性表达基因的寻找，很多人会想到，做表达谱/RNA-seq ，寻找差异基 因。然而仅仅通过差异分析，并不是组织特异性的基因。 那么什么才是组织特异性的基因？ 也就是说，该类基因只在感兴趣的组织中特异性表达，其他组织并无此规律。 如果想要做到这一点，要调研所有的组织才能找到这样的基因。这对于普通的科研工作者来 说，工作量是不可想象的。这个工作谁来做？Genevestigator。 接下来，我们以水稻为例，利用 Genevestigator 寻找在根部的特异性表达基因。 申请途径：/plus/list.php?tid=75 确保网络通畅。 操作思路为： 选择感兴趣 导出结果和 打开软件 选择物种 找到基因 组织（根部） 图 打开软件 首先，打开 Genevestigator 软件： 选择物种 注意上图右侧的“Data Selection”，放大如下 ，点击“New”，即告诉Genevestigator 软 件，我们打算从哪个物种入手分析。 物种选择水稻，因此在 Organism 栏中选择“Oryza Sativa”。 选中后发现，Genevestigator 收集了 2527 例昂飞表达谱芯片的数据。给批水稻数据集命 名为：“OS_AFFY_RICE-1” 注：如果选择范围内的样本数量比较大，或许会需要等待几分钟的时间。 物种确定好了，接下来需要确定感兴趣的组织（根部）。怎么操作？ 选择感兴趣组织（根部） 在主界面的右侧的“GENE SEARCH TOOLS ”中选择“Anatomy ”，即是我们告诉 GENEVESTIGATOR ，我们有感兴趣的组织，我们希望寻找组织特异性表达的基因。 放大如下： 点击之后，会出现如下：我们选择 roots 作为 target （目标组织，感兴趣的组织）, 其他组 织作为 base （背景，需要排除的组织） 找到基因 设定基因数量（10 ），点击“Run ”，出现下图结果。找到的基因表达。可以看到，这些 基因在根部确实有特异性的表达（深蓝色），而在其他部位为淡蓝色或者白色。 导出结果和图 结果可以以 excel 的形式保存。图有 PDF ，GIF ，JPG 等格式。 目前Genevestigator 收集了多少个物种的信息？ Organism Studies Samples 收录平台 Human 1,285 160,379 Affy array Illumine array Agilent array RNA-seq Biognosys Mouse 440 9,993