衣原体噬菌体vp2蛋白的生物临床价值分析.pdfVIP

634 TianjinMedJ,July2014,Vol.42No.7 衣原体噬菌体Vp2蛋白的生物临床价值分析 1 1 1 1 1 2△ 姚卫锋 卢桂玲 谢艳秋 于 旺 宋蒙蒙 李士颖 【摘要】 目的 明确衣原体噬菌体Vp2蛋白在病毒重组、筛查研究中的作用，评估Vp2的临床价值。方法 以 COBALT程序在线比对各株衣原体噬菌体衣壳蛋白Vp2蛋白序列；并以ProteinBlast的Distancetree功能构建种系发 生树。以高保守区氨基酸序列为基础，采用Gamier-Robson法、Chou-Fasman法分析蛋白二级结构；以Karplus-Schulz 法分析柔性区域；Kyte-Doolittle法、Hopp-Woods法分析亲水性；Emini法分析表面可及性；Jameson-Wolf法分析抗原 指数。结果 6株衣原体噬菌体Vp2蛋白序列高度保守，差异主要在Chp1与其他5株噬菌体的Vp2蛋白之间亲缘关 系较远。各株噬菌体的Vp2蛋白均有α螺旋为主的二级结构，蛋白序列高保守区存在多个细胞表位。结论 Vp2蛋 白性质保守，是衣原体噬菌体衣壳的重要组分。其蛋白分子结构复杂，高保守区有较强的免疫原性，在病毒重组、沙 眼衣原体噬菌体野生株筛查研究中有实际研究价值。 【关键词】 微病毒属；衣原体科；细菌噬菌体；蛋白质类；计算生物学 【中图分类号】 R373.9 【文献标志码】 A 【DOI】 10.3969/j.issn.0253-9896.2014.07.003 TheClinicalValueofChlamydiaPhageVp2 Protein 1 1 1 1 1 2 YAOWeifeng ，LUGuiling ，XIEYanqiu ，YUWang ，SONGMengmeng ，LIShiying 1TianjinAcademyofTraditionalChineseMedicineAffiliatedHospital,Tianjin300120，China；2TianjinGonganHospital LIShiying，E-mail:lishiyingmed@ [Abstract] Objective Toevaluatetheeffectofchlamydiaphagevirusprotein 2(Vp2)ontherecombinantvirusand virusscreeningresearch,anditclinicalvaluethereof.Methods TocomparetheVp2proteinsequencestogettheconserva⁃ tiveregionwithCOBALT.AphylogenetictreewasbuiltwithProteinBlastofDistancetree.Theaminoacidsequenceinthe highconservativeregionwaspredictedbythemethodsofGamier-RobsonandChou-Fasman,anditsflexiberegionswere predictedbyKarplusmethod.ThehydrophilicityplotwaspredictedbyKyte-DoolittleandHopp-Woodsmethod.Thesur⁃ faceprobabilitywasanalysedbyEmini,andtheantigenicindexwasanalysedbyJameson-Wolfmethod. Results Thesix Ch