金针菇基因组SSR位点分析及标记开发-论文.pdfVIP

食用菌学报@2016．23(2)：12～19 DOI：10．16488／j．cnki．1005—9873．2016．02．003 金针菇基因组SSR位点分析及标记开发 金群力1，沈颖越1，蔡为明¨，周烁红2，范丽军1，冯伟林1，宋婷婷1，李良英1，田芳芳1 (1浙江省农业科学院园艺研究所，浙江杭州310021；2浙江师范大学化学与生命科学学院，浙江金华321004) 摘要：以金针菇(FfⅡmmH“眦ve地fip∞)基因组序列为基础，对其ssR位点进行分析，设计16对引物对其中 16个ssR位点进行标记设计，并对6个商业化的金针菇品种进行筛选。统计结果表明，金针菇基因组有1279 个位点，ssR位点密度为35．53／Mb，并以三核苷酸基序为主，重复数≥10的SSR(即高频)基序数目总计246 个，占所有SSR位点的19．23％。设计的16对SSR标记均能扩增条带，多态率仅为18．75％。 关键词：金针菇基因组；SSR位点；多态性标记 随着分子生物技术的发展，食用菌生物学研究也从前期的生理栽培特性研究转向分子遗传学研究。 全基因组分子标记的挖掘和开发是遗传图谱的构建和目标基因的定位等分子遗传学研究的基础口4]。微 markersor 卫星标记(microsatellite simplesequencerepeat，SSR)是以1～6个碱基为重复基元的串联重复 序列[5]。SSR标记具有分布广、共显性、位点特异、多态性高、操作简单、高度可重复等优点，被广泛应用到 分子遗传学研究中，包括遗传图谱的构建、基因的图位克隆、分子标记辅助育种、种子纯度鉴定、亲子鉴定 和遗传多样性研究等[6]。随着高通量测序技术的迅猛发展，很多食用菌的全基因组序列被测序并公 布[7_10]，为SSR标记开发和利用提供便捷，获得越来越多的相关科研工作者的青睐。 金针菇(Ff乜mm“fiM憎fMff舢)又名金菇、朴菇、构菌、青杠菌、毛柄金钱菌等，因其具有很高的食用和 续分子研究奠定基础。 目前金针菇的分子生物学研究还处在分子标记挖掘和高精度遗传图谱构建的初期。鲜见有关金 针菇SSR位点分布规律研究的报道，食药用菌中的相关报道见于双孢蘑菇(A弘，fc“s6fspD，．淞)[13]、灵 菇(1，，02v口r纠2口vD～nce口)[引、香菇(LPnfin“kedDdes)[1引、蛹虫草(CD埘yce筇mⅢf口r西)[18]等。 本研究利用生物信息学的方法在金针菇全基因组序列中开展SSR位点分析，对基因组中不同区域 的SSR进行统计和分析，并设计SSR标记进行多态性分析，为进一步开发金针菇分子标记和遗传学分 析提供参考。 1材料与方法 1．1供试菌株 zAASFW002)均为浙江省农业科学院园艺研究所保藏并提供。 1．2基因组来源 ofBiomedical 本研究所采用的数据是由Department Chemistry，KonkukUniversity所发布的 收稿日期：2015—12—16原稿；2016一04—18修改稿 基金项目：浙江省农业新品种选育重大科技专项一食用菌新品种选育(2012c12911)、国家自然科学基金项目 资助 作者简介：金群力(1972一)，男，2009年毕业于浙江大学农业与生物技术学院，硕士，副研究员，主要研究方向为食 用菌遗传育种。 。本文通讯作者E．mail：caiwm527@126．com 万方数据 第2期 金群力，等：金针菇基因组ssR位点分析及标记开发 1．3序列中SSR的搜索 的SSR位点。搜索1～6个核苷酸基序，单核苷酸单元的重复数≥10，二、三、五和六核苷酸单元的重复 3’／5’UTR、非编码区和基因间区进行人工查找。 1．4DNA提取 菌丝提取使用天根植物基因组DNA提取试剂盒。提取完毕后取2”L样品，用1．0％琼脂糖凝胶 电泳进行紫外检测，将符合实验要求的DNA提取液置于一20℃冰箱中保存备用。 1．5SSR引物设计 利用Primer 80～200 bp之间，引物长度在18～24bp之间，引物设计过程中应尽量避免引物二聚体(cross dimer)、发卡结构(hai