FFPE样品完整解决方案.PDFVIP

FFPE样品完整解决方案 -从全基因组分析到单分子检测 简介 从FFPE组织中发现生物标记并用于临床检测 肿瘤是一种复杂的多样性疾病，也日渐成为全球死亡的首要原因。然而，肿瘤生物学、疾病的进展和临床治疗在很多方面仍有 待发现。人们普遍认识到，目前的治疗方法对大部分患者是无效的，而肿瘤研究人员、病理学家、肿瘤学家和外科医生相信， 对肿瘤遗传学的更深入了解势必会找到更好的治疗模式。同时，由新一代测序和基因芯片技术所推动，潜在的致病突变、结构 和转录变异，以及相关分子事件的发现比比皆是。这些发现需要重复、验证并最终转化成临床实践。 为了应对验证的挑战，研究人员相信，福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed Paraffin-embedded, FFPE) 的肿瘤样本组织，尤 其是那些有着完整临床记录的组织，是一种重要的资源，可加速科研转化进程。 不幸的是，在使用FFPE组织时面临着严峻的挑战。众所周知，福尔马林对细胞和遗传基质会造成严重的破坏，而保存在石蜡中 又会使这些遗传基质随时间延长而降解；因此，从长期存放的FFPE样品中提取出的核酸可能难以分析，因为样品基质内核酸易 发生片段化、核苷酸碱基修饰以及核酸与蛋白的交联。此外，来自FFPE样品的DNA和RNA 的PCR反应可能会面临抑制和不均衡 扩增，导致灵敏度和准确性差。组织样品通常是癌细胞和正常细胞的异质性混合，其中一部分癌细胞的遗传信息是不同的。而 且，目的组织通常量很少，这为多个基因的测定和重复检测带来了挑战。因此，遗传分析技术若能很好地应对少量可能异质性 混合且往往降解的核酸，研究人员必将大大受益。 为FFPE样品而优化的多个平台 Affymetrix率先推出了新的分子生物学技术，实现了对宝贵FFPE样品高效的全基因组分析。 将基因组学技术应用在FFPE样品分析上，以发现和验证临床生物标记，这通常分为两种策略(图1)。在第一种策略中，基因芯片可 用在开发过程的每个阶段，从基因和转录本发现，到初步验证，再到功能验证，最后到常规检测(图1A)。 在第二种策略中，芯片和(或)de novo测序被用于最初发现，以获得多个候选基因或转录本。随后通过一系列验证步骤逐步缩小 候选基因或转录本范围，并利用基于磁珠的多重定量分析技术和单个转录本原位分析来进一步鉴定候选基因或转录本(图1B)。 无论您选择哪种策略，Affymetrix都能在FFPE样品分析的每一阶段提供成熟的技术和应用。关于Affymetrix为FFPE样品分析提 供的产品和服务列表，请参阅后面的研究产品选择指南(表1)。 了解更多信息，请访问 。 2 FFPE应用和产品概览 发现 初步验证 进一步验证 常规检测 A 发现 初步验证 进一步验证 常规检测 各种芯片，从发现到常规检测 Arrays Arrays Arrays Arrays 各种芯片，从发现到常规检测 n ™ n ™ n ® n ® OncoS