中国人群STAT1基因和WNT16基因外显子测序与骨密度的关联分析The correlation analysis of STAT1 gene and WNT16 gene exon sequencing and bone mineral density in Chinese population.pdfVIP

分类号 密级一 学校代码——』卫542 学号 201102141239 中国人群STATl基因和WNTl6基因外显子 测序与骨密度的关联分析 BoneMineral Associationof Study Density andExon ofHumanSTATland Sequence WNTl6GenesinChinese Population 指导教师姓名、职称 睦塑室塾撞 学 科 专 业 边堑堂 湖南师范大学学位评定委员会办公室 二零一四年三月 ||IIIII IIIIIIIIIIII1111 11l Y2549621 摘要 目标：研究结果表明STATl基因和WNTl6基因与骨密度变化 关联。WNTl6基因所参与的Wnt信号通路对于骨代谢起着至关重要 参与了骨密度代谢。在本研究中，我们旨在通过罕见变异分析来证 实STATl基因和WNTl6基因中的罕见功能变异位点对人类骨密度 的影响。 方法：本研究采取极端采样的方法，从大约2000个来自长沙和 西安的随机中国汉族人群样本中抽取50个高骨密度和51个低骨密 度样本。所有的骨密度数据通过HologicQDR-4500W双能X射线骨 密度吸收仪(DXA)进行测量。髋部骨密度符合分类变量分布，腰 椎和腕部骨密度符合数量性状分布。因此，髋部骨密度在本研究以 质量性状进行计算，而腰椎和腕部骨密度将按照数量性状进行计算， 并根据年龄、年龄平方、身高、和体重进行校正。从个体的外周血 2．1MHumanExome 提取DNA，并使用NimbleGen Array捕获外显 子组，再通过IlluminaSolexa测序仪进行重测序。可变阈值混合关 联分析法用来检验其中罕见变异与骨密度的关联关系。 结果：研究中，我们通过外显子捕获测序在中国汉族人群的 STATl基因外显子区域检测到45个变异位点，其中包括6个同义突 变位点；在高加索白人人群样本中检测到115个变异位点，其中包 括1个同义突变位点。在混合关联分析检验中没有发现STATl基因 有很强的信号显示其与人类骨密度变化存在显著关联。在WNTl6 基因中，我们在中国汉族人群中发现了10个变异位点，其中3个位 点位于内含子区域，4个位点为非同义突变位点，2个为新发现的变 功能预测工具，两个常见变异位点对蛋白功能影响为耐受和良性， 两个罕见变异位点为损伤突变位点。我们在高加索白人人群样本的 WNTl6基因中检测到65个变异位点，其中6个位点为编码氨基酸 的变异位点，其中位点r插入位点，会引起开放阅读框 腰椎骨密度(P=-0．0009)存在显著关联。在5％阈值混合关联分析中， 我们仍然可以检测到WNTl6基因与腕部骨密度相关联，这说明其中 的罕见变异会对人类腕部骨密度表型产生影响。在白人样本中，我 们没有发现Leul 5Met与Lys61Asn两个罕见变异位点，但两个常见 (P=-0．017)。这两个常见位点的等位基因频率高度一致，但在东亚 人群、欧洲人群和非洲人群中呈现显著差异。 结论：本研究没有发现STATl基因中的罕见变异位点与人类骨 密度表型存在显著关联。发现WNTl6基因中的常见变异位点 rs2707466和罕见变异位点对