phylip软件使用.doc

phylip软件使用 phylip软件使用 整理的一点做进化树的phylip软件的说明 *********************************************************************** PHYLIP是一个综合的系统发生分析软件包，由华盛顿大学的Joseph Felsenstein开发的。现在该软件包可完成许多系统发生分析。软件包中可用的方法包括了简约法、距离矩阵和似然法，以及bootstrap和一致性树。可以处理的数据类型有分子序列、基因频率、限制性位点、距离矩阵和二进制离散字符。 ? 下载地址： /phylip.html 对于windows操作系统有三个下载文件（phylipw.exe, phylipwx.exe, phylipwy.exe），下载之后解压到一个文件夹中，里面包含了所有的程序，手册也在其中。 画图程序（drawgram, drawtree）需要安装X windows开发环境，否则会报错。 ? 用户界面： 程序通过一个菜单来控制，用户设置选项。数据从一个文本文件中读入程序，这个文本文件不能是有特殊格式的文字处理器（office word）。有些序列比对程序，如clustalX，可将数据文件写为PHYLIP格式。 而大部分的程序自动寻找在infile文件中的数据。如果它们没有找到这个文件，它们将提示用户自己输入数据文件名。输出的内容将被写到特定的文件中，如：outfile和outtree。Outtree中的树是newick格式的，这是一个正式的标准，由1986年被主要系统发生软件包的作者所确定的。 ? Getting started ? 注意保持记录。 记录每步的实验过程是非常重要的，甚至是在计算分析时。也许你会对许多的结果文件感到头痛，那么最好的方法就是给结果文件改一个有意义的名字。 ? 序列比对。 PHYLIP的输入文件是比对过的序列，并且是PHYLIP格式的。文件的后缀名是.phy的。比对可用clustalX: http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html 一定要把比对的序列保存为phylip格式的。 ? PHYLIP程序的运行 这些程序要按照一定的顺序来运行。前一个程序的输出作为下一个程序的输入。如何合理的组合这些程序也很关键。 在windows中，PHYLIP程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。我们建议使用命令行方式，因为你也许能看到一些错误提示。它启动的方是：开始-所有程序-附件-命令提示符。 大部分PHYLIP程序运行方法相同。程序把infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。输出结果写在outfile文件中。有些则写在outfile和outtree或plotfile中。 因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。比如，你用Dnadist得到了距离矩阵（outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_out_F84，或其它名称，这样你就能区别两次的结果了。 ? 程序 ? 距离方法： 顺序使用这些程序。首先，用dandist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。接着这个矩阵被fitch、kitsch或 neighbor程序转换为树。Dandist和protdist程序的输出文件是outfile。在运行fitch、kitsch或neighbor 前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。fitch、kitsch和neighbor的输出文件是outfile和outtree。 Dnadist???????????????? DNA距离矩阵计算器 Protdist???????????????? 蛋白质距离矩阵计算器 Fitch???????????????????? 没有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Kitsch?????????????????? 有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Neighbor??????? Neighbor-Joining和UPGMA树 ? 基于字符的方法 这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是outfile和outtree。 Dnapars??????????????? DNA简约法 Dnapenny???????????? DNA简约法using branch-and-bound Dnaml????????????????? DNA最大似然，无分子时钟 Dnamlk???????????????? DNA最大似然，有分子时钟 Protpars??