三分子力学方法().pptVIP

量子化学计算方法的介绍 wbfeng 计算方法 分子力学 Molecular mechanic 半经验 Semi-empirical method 从头算 Ab initio 密度泛函 Density function theory(DFT) 分子力学方法的发展 1930， D.H.Andrews 1946，第一个理论模型 1950s， 1984，蛋白质和核酸 第一本分子力学的专著 N.L. Allinger, Molecular Mechanics, 1982 分子力学的基本思想-1930，D.H.Andrews 在分子内部，化学键都有“自然”的键长值和键角值。分子要调整它的几何形状（构象），以使其键长值和键角值尽可能接近自然值，同时也使非键作用（van der Waals力）处于最小的状态，给出原子核位置的最佳排布。在某些有张力的分子体系中，分子的张力可以计算出来。 分子的经典力学模型-1946，T.L.Hill T.L.Hill提出用van derWaals作用能和键长、键角的变形能来计算分子的能量，以优化分子的空间构型。 Hill指出：“分子内部的空间作用是众所周知的，（1）基团或原子之间靠近时则相互排斥；（2）为了减少这种作用，基团或原子就趋于相互离开，但是这将使键长伸长或键角发生弯曲，又引起了相应的能量升高。最后的构型将是这两种力折衷的结果，并且是能量最低的构型”。 分子力学方法（MM） 把分子中的原子看成是刚性的质点，质点在分子中存在下面2种方式： 简谐振动 （Harmonic oscillate） 非简谐振动 （Non-Harmonic oscillate) 力场（Force field） 什么是力场？ 键长、键角、二面角（扭转角） VDW作用力 V = Vstretch + Vbend + Vtorsion +Vvdw 分子力学 分子力学从本质上说上是能量最小值方法，即在原子间相互作用势的作用下, 通过改变粒子分布的几何位型, 以能量最小为判据, 从而获得体系的最佳结构。 Energy minimum arithmetic Finding minimum initial geometry optimization energy minimum Potential fuction 优化算法 First-order differential Steepest Descents - SD Conjugate Gradients - CONJ Second-order differential Newton-Raphson Method 分子力学方法举例 船式和椅式的环己烷的分子力学的研究 结构搜索 能量比较 小结 时间 time - MM 与 m2 (m:atomnumber) 成比例 QM n4或n3 (n:orbital number) 意义明确 V = Vstretch + Vbend + Vtorsion +Vvdw Quantities presentation of formation, hindrance,torsion 其他方法的补充 * * Bond energy term -stretch Morse curve： V = De {1-exp[-a(r-r0)]}2 Harmonic oscillation potential function： V = (k/2)(r- r0)2 Nonharmonic term function： V = (k/2)( r-r0)2[1-k1(r-r0)-k2(r-r0)2-k3(r-r0)3] Angle Bending term V = (k/2)(?- ?0)2 V = (k/2)( ?-?0)2[1-k1(?-?0)-k2(?-?0)2-k3(?-?0)3] Bond length and bond angle cross-term： Vb/ ? = (1/2)kr ?(r-r0)(?- ?0) Torsion terms Vn: barrier height n: multiplicity ? phase factor e.g.: C-C single bond, n=3,?=0, minimum: 60,-60,180 maximum: 120, -120 Non-bonded Interactions van der Waals Lennard-Jones function V = 4?[(?/r)12 – (?/r)6] V