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核苷酸序列分析 2007年12月 核苷酸序列分析 启动子区 启动子（Promoter） 位于结构基因5’端上游，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA结合并具有转录起始的特异性。 转录起始位点(Transcription start site, TSS) PYCAPY 核心启动子元件(Core promoter element) TATA box，Pribnow box 上游启动子元件(Upstream promoter element，UPE) CAAT box，GC box，SP1，Otc 增强子(Enhancer) 原核和真核生物基因转录起始位点上游区结构 原核生物 真核生物 TTGACA TATAAT A mRNA ＋1 －10 －35 PyAPy TATAAT GC区 CAAT区 mRNA ＋1 －40 －25 －110 增强子 上游启动子元件，UPE 核心启动子元件 转录起始位点 启动子数据库 TransFac / EPD http://www.epd.isb-sib.ch/ TRRD http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd Jaspar / Zhang Lab /software/index1.htm DBTSS http://dbtss.hgc.jp/index.html MIRAGE / Bacillus subtilis http://dbtbs.hgc.jp/ Drosophila melanogaster /labs/Kadonaga/DCPD.html E. coli /ecoli_matrices/ Human /~mfrith/HPD.html PlantProm /berry.phtml?topic=plantpromgroup=datasubgroup=plantprom Plant http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE http://oberon.fvms.ugent.be:8080/PlantCARE/index.html Saccharomyces cerevisiae /jian/ 启动子数据库：EPD http://www.epd.isb-sib.ch/ 快速搜索 搜索界面 下载序列 EPD搜索界面 限定物种“human” 搜索基因“RHO” EPD搜索结果 搜索结果基因信息 启动子区域序列 其它相关分析链接 搜索结果：“RHO” EPD搜索结果：RHO 参考序列 GenBank序列链接 启动子结合位点分析 PromoterScan :80/molbio/proscan/ Web Promoser /zlab/PromoSer/ Web Neural Network Promoter Prediction /seq_tools/promoter.html Web Softberry: BPROM, TSSP, TSSG, TSSW /berry.phtml?topic=indexgroup=programssubgroup=promoter Web MatInspector http://www.gene-regulation.de/ Web TRANSPLORER http://www.biobase.de/pages/products/transplorer.html Web RSAT http://rsat.ulb.ac.be/rsat/ Web SIGSCAN /molbio/signal/ Web/Windows ConsInspector ftp://ariane.gsf.de/pub/win95_NT/ConsInspector.exe Windows/Linux Cister /~mfrith/cister.shtml Web 启动子结合位点分析：Cister /~mfrith/cister.shtml CpG岛 CpG岛 位于真核生物基因转录起始位点上游，GC含50% ，长度200bp CpG Island 分析 CpG Island /cpgislands2/cpg.aspx Web CpG finder /berry.phtml?topic=cpgfindergroup=programssubgroup=promoter Web CpGPlot/CpGReport/Isochore http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html Web 加polyA信号：AAUAAA 转录终止信号：GC rich二重对称区、UUUUUU C-G C-G G-C G-C U-A G