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功能磁共振成像（fMRI ）数据分析方法 前言 在处理fMRI数据处理之前，我们 必须修过以下课程或者有 相应基础：（按重要性排列） 1. 概率论和统计学 如果你不懂概率论和统计学，那么fMRI数据处理对你来说简直就是“天书”。（关于这一点，只在本科学过一点数理统计，远远不够用） 2.计算机编程 如果没有强大的计算机编程技能是不可能成为一个fMRI数据的有效使用者的。存在很多种有助于fMRI分析的计算机语言：matlab、unix、vb。（曾经雄心勃勃地打算自学matlab，可是那本厚重的matlab宝典还静静地躺在书架上......，自学很难） 3.线性代数 从数理统计到图像处理，线性代数对于fMRI分析的各个方面都和重要。想要更深刻地理解fMRI分析，必须要有线性代数的基本知识。（只知道一般线性模型不够！） 4 磁共振成像 要完全理解fMRI数据，就要知道数据从何而来，实际上测量的是什么。这在理解MRI伪迹如何影响fMRI数据时尤为重要。（原子核、电磁场等物理学知识要涉猎！） 5 神经生理学和生物物理学 fMRI信号来自于对单个神经元活动的间接测量，神经元如何编码信息、从而引起血流信号的改变等等.....（fMRI是基于BOLD signal） 6 信号和图像处理（高等数学） 要有对信号和图像处理方法的基本了解，特别是对傅里叶分析的理解。（傅里叶分析啊....总是在papers中看到...可惜不懂......） 精心钻研十年！才能成为一个领域的专家！在脑功能成像（fMRI）分析领域尤是如此！ 功能磁共振成像技术 物理基础 ——核磁共振（nuclear magnetic resonance） 生物物理机制 ——血氧水平依赖（blood oxygen level dependent, BOLD） 氢原子 BOLD原理 合氧血红蛋白和脱氧血红蛋白的比率变化 SPM软件包简介 主要的脑功能分析软件： SPM：http://www.fil.ion.bpmf.ac.uk/spm 运行平台：MATLAB (WINDOWS Linux) 数据格式：Analyze，MINC，ecat T 注：在最新的SPM5\spm8中将只采用NIFTI格式 AFNI：/afni 运行平台：Linux，Unix，Mac OS X 数据格式：AFNI，BRIK，HEAD SPM 以其标准化的操作，较为完备的理论成为国际上通行的脑功能分析软件。 SPM软件包简介 SPM 是由它的理论和思想最初是由英国的Karl Friston在英国医学研究理事会加速器中心对PET 功能神经显像数据进行常规统计分析时提出并形成的。 SPM软件包安装 SPM软件包简介 SPM软件包简介 SPM的处理流程： 数据处理前准备 数据格式转换。 脑图的左右显示问题。spm_flip_analyze_images.m中flip = 1 or 0 Spm以前的版本，spm_defouts.m文件中 defaults.analyze.flip = 1or 0 Slice Timing 运行matlab, 执行命令：spm fmri，这样将打开spm8的操作界面。点击“Slice Timing” . 在spm8，每一步处理都采用了直观的“树形结构”面板,?如果一个分支项右面有 -X号，你必须为之指定选项(否则不能运行该tree)，分支项的选项在其右侧面板指定，而帮助信息则在下面的面板中显示。 Data，点击data并在下面的面板中点击“new session”,这样在data下会出现“session”的分支项，选中该项并点击面板下方的“select files”，然后用spm文件选择器选择你要处理的数据，最后点击“down”。 Number of Slices，我们输入“36” TR，我们输入“2” TA，我们输入“2-2/36” Slice order，我们输入“1:2:35, 2:2:36” Reference Slice,我们输入“35” Filename Prefix，采用默认设置。 最后点击面板上方的向右的绿色三角即开始运行。运行完后将会生成一系列a*.img文件，这就是时间校准后的数据。 Realignment 我们在预处理面板校准选项中选择“Realign (Est Res)”，出现如左侧对话框，我们按下面设置进行. 选中“data”, 选择“New Session”, 然后选中da