怎样用seqman看测序结果.doc

怎样用seqman看测序结果 1打开seqman软件，点file，点New，点。 2弹出新的对话框，点击。 找到测序文件所在文件夹，在文件类型中选中，选中四个测序结果，点“打开”，再点done。 3再点Assemble。软件就会自动拼装序列。。 4，加入我们已知的参考序列（就是NCBI下下来的那个）。点菜单栏的sequence中的Add One，找到参考序列所在文件夹，单击它（这里我命名的叫Amplification product），打开。就谈加了一个参考序列。 5，双击，弹出框框。 看到小灰色箭头了吗，每个都单击一下。就会出现以下详细资料。 红色峰代表T，蓝色代表C，绿色代表A，黑色代表G 。 大部分的峰是清晰，比如这样的峰。但是有小部分的峰是不清楚的，比如这样的峰。 清晰的峰可以判断这个碱基，但是不清晰的峰我们一般不判断，就省略过去， 因为不清晰的峰不大可信。 这里要提一点的是，华大小规模测序用的是SANGER法，这种方法有个弊端就是靠近引物一端的大约20-50个碱基的峰图是可能不清楚，之后的才很清晰。 我说这个话，其实可以通过图里就能反映出来。注意看上面两个，第一个是8号PCR产物的反向测序，第二个是9号PCR产物的反向测序（就是由后引物那边测过来的）。第三、第四个分别是8号、9号个体的正向测序。 那我们来看看反向测序的情况 是否看到，反向测序的开头和之前正向测序的开头也一样呢？也是开始的地方不清楚。这是必然的。 那个参考序列在中间。我们可以看到凡是能判断的序列，和参考序列是99.99%一致的。说明，我们扩增出来的PCR产物是可信的，就是预期的片段位置。 反向测序的后端 正向测序的前端 反向测序的前端 正向测序的后端 参考序列 参考序列