大肠杆菌酶基因缺失菌株碳中心代谢系统的代谢通量分析.pdfVIP

第48卷第2期 华中师范大学学报(自然科学版) V01．48No．2 OFHUAZHONGNORMALUNIVERSITY(Nat．Sci．) 2014年4月 JOURNAL Apr．2014 文章编号：1000—1190(2014)02—0251—06 大肠杆菌酶基因缺失菌株碳中心 代谢系统的代谢通量分析 芮 斌，金杰军，范亚东，文 汉+ (安徽农业大学生命科学学院，合肥230036) 摘要：大肠杆菌(E．coli)因其遗传信息简单且容易培养而被广泛用作各种生物化学、生物技术 研究的模式微生物．为了认识重要模式生物大肠杆菌的代谢系统中各种酶的作用，以软件分析的 模式，对已经构建好的小型大肠杆菌代谢系统在cobra中进行代谢通量平衡分析FBA(Flux-Bal— ante Analysis)和代谢通量变化性分析FVA(FluxVariabilityAnalysis)，分别单独敲除代谢系统中 的25个酶基因，分析敲除各个酶基因后的FBA和FVA的计算结果，通过作图显示出在大肠杆菌 代谢系统中不同酶基因被敲除后每个反应的两项结果变化和不同酶基因被敲除后全部反应的两 项结果的变化，以此来推测大肠杆菌代谢系统中各种酶所起的作用． 关键词：代谢通量平衡分析；代谢通量变化性分析；代谢通量；酶基因 中图分类号：Q55 文献标识码：A 大肠杆菌E．coli是进行微生物遗传研究的重步逐渐演化出单独的静态分析和动态分析．静态分 要材料，如局限性转导就是1954年在大肠杆菌析主要包括Schilling等学者提出的极端途径 K12菌株中发现的．莱德伯格(Lederberg)采用两 株大肠杆菌的营养缺陷型进行实验，奠定了研究细 theory)[3_引．而动 jeong等学者提出的图论法(graph 菌接合方法学以及基因工程研究的基础．大肠杆菌 态分析方法主要是基于动力学信息的，它包括代谢 control 作为外源基因表达的宿主，遗传背景清楚，技术操作 控制分析(metabolic analysis)，控制论模拟方 简单，培养条件简单，大规模发酵经济，所以倍受遗 法(cyberneticmodeling)．目前对基因组规模的代谢 传工程专家的重视．目前大肠杆菌是应用最广泛，最 网络来说，许多反应的动力学参数和反应物浓度参 成功的表达体系，常做高效表达的首选体系． 数都是不清楚的，故静态的研究方法占据了目前代 系统生物学着重以系统的思路和方法定量研究 谢网络研究的主流位置[7。8]． 生物过程．由于生物系统的组成关系主要用网络来 本文在matlab cobra工具箱的基础上对大肠 表示，代谢网络研究就自然成为热门领域一卜2I．最初 杆菌代谢系统进行FBA和FVA分析[9’12|，将分析 的网络理论往往只涉及一个底物和一个产物，故而 结果进行汇总后，为显示在敲除和不敲除各种酶基 与实际网络不符．FELL等学者致力于线性代数的因的结果变化，对数据进行绘图，通过直观的图形 方法来更便利地计算代谢途径，其主要思想是先假 对比，显示出敲除各种酶基因对大肠杆菌代谢系统 设代谢网络的途径是代谢网络计量系数矩阵的线性 中每一个反应的影响，以及在