图解blast验证引物教程2.doc

图中①代表这些序列与引物匹配的得分值小于40分 图中②代表这些序列与引物匹配的得分值位于40～50分 图中③代表这些序列与引物匹配的得分值位于80～120分， 分值越高，特异性越好。线段代表上或下游引物，其颜色和上面对照后就可得出该条引物的分值。 图中两线段间有连线的代表这些序列与上游引物匹配（Strand=Plus/Plus）、并与下游引物互补（Strand=Plus/Minus），理论上可以扩增出基因片断。没有连线的，表示单条引物与该基因一致。 点击线段，就能跳转到该基因的结果信息概要。 （2）结果信息概要： Accession、数据库系列的身份证：点击之后可以获得该序列的信息 Desscription、系列的简单描述 Total score高的就是有两线段间有连线的，如图划线的。 E value：代表被比对的两个序列不相关的可能性。【The E value decreases exponentially as the Score (S) that is assigned to a match between two sequences increases】。E值最低的最有意义，也就是说序列的相似性最大。设定的E值是我们限定的上限，E值太高的就不显示了 E、最后一栏有的有UEG的字样，其中： U代表：Unigene数据库 E代表：GEO profiles数据库 G代表：Gene数据库 （3）结果详细信息： 划线上代表上游引物与该序列的正链【Plus/Plus】的匹配情况： 划线下代表下游引物与该序列的负链【Plus/Minus】的匹配情况： 共有20个碱基匹配，得分40.1分【20×2＋0.1＝40.1】，E值为0.077。 为什么与上下游引物匹配的ABCG2序列有多种？ 为同一个基因来源的不同的mRNA片段 为该基因的DNA系列 为同一个基因来源的不同的cDNA克隆片段。 结果判断： ①验证文献报道的引物是否正确：如果你可以在所显示的结果中找出你的目的基因，一般说明你的引物正确性没问题。如果你blast后没有发现你，或者分值很低，该引物就可能不适合用找到了你的目的基因名称，而且找到了一大批同物种的不同基因，（上下游引物分别搜索到相同的基因）这时表明你的引物设计的特异性不高，极有可能在你的扩增产物中出现非特异性产物。/bbs/actions/archive/post/2168427_1.html 2、/index.php/BLAST 3、/Education/BLASTinfo/tut1.html 4、 /bbs/post/view?bid=73id=288677sty=3keywords=blast 5、/bbs/actions/archive/post/6441600_1.html 6、/topic/004/netguide/blast.htm 7、/bbs/actions/archive/post/1402021_1.html