DNA测序High_throughput_screening_an_omics_I_Lecture-Schmitz-09-05-07.pdfVIP

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2017-12-24 发布于浙江
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DNA测序High_throughput_screening_an_omics_I_Lecture-Schmitz-09-05-07

High throughput screening and –omics I Different ways to address biological questions: Bottom up (classical): - Detailed analysis of single genes/proteins. Step by step assembly of results to get an overview about processes within cells/organisms. Top down (modern): - Analysis of complete organisms. - Omics ? Tyers Mann, Nature 422, (13), 2003, 193-197 Steps that are analyzed by -omics: Graves, P.R. and Haystead, T.A.J., Micro Mol Biol Rev. Mar 2002 pp 39-63 Increasing complexity Genome: 30.000 genes Transcriptome: 40-100.000 mRNAs Proteome: 100-400.000 proteins 1.000.000 interactions Protein Interaction 6 10 Human Proteome 5 10 Transcripts Human Genome /biology/michalak/classnotes/genomics/lect35.ppt Todays program: High troughput sequencing: -454 Sequencing -Solexa Sequencing Microarrays and barcoding High troughput two hybrid experiments DNA Sequences: August 2005 100 Gigabases were sequenced ! /Genbank/index.html Costs of DNA Sequencing Shendure, J., Mitra, R., Varma, C., and Church, G.M. (2004) Nature Genetics 5:335 DNA sequencing DNA Shake